การขุดแต่งที่เจดีย์จุลประโทนมีการขุดแต่งทั้งหมด 2 ครั้ง ดังนี้

ครั้งที่ 1

เมื่อ พ.ศ. 2482 - 2483 ดำเนินการขุดแต่งโดยกรมศิลปากร ภายใต้การนำของ หลวงบริบาล บุรีภัณฑ์ ร่วมกับ ปิแอร์ ดูปองต์ แห่งสำนักฝรั่งเศสแห่งปลายบูรพาทิศ จึงได้พบว่าเป็นซากของฐานเจดีย์ ซึ่งมีลักษณะทางสถาปัตยกรรมที่มีแผนผังเป็นรูปทรงสี่เหลี่ยมจัตุรัส ในครั้งแรกที่พบ ปิแอร์ ดูปองต์ ได้เรียกชื่อเจดีย์นี้ว่า “เจดีย์พระประโทน” เนื่องจากตั้งอยู่ในบริเวณเดียวกันกับวัดพระประโทน ต่อมาในภายหลังทางกรมศิลปากรจึงทำการเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น “เจดีย์จุลประโทน” เพราะเกรงว่าอาจจะเกิดการสับสนระหว่าง “วัดพระประโทนเจดีย์วรวิหาร” ซึ่งมีอยู่อีกหนึ่งวัดแล้วในบริเวณนั้น[4]

ครั้งที่ 2

เมื่อ พ.ศ. 2511 ดำเนินการขุดแต่งโดยกรมศิลปากรซึ่งมอบหมายให้ นายสมศักดิ์ รัตนกุล เจ้าหน้าที่ของกรมศิลปากร เข้าทำการลงพื้นที่ภาคสนามร่วมกับ ชอง บัวเซอลีเย่ แห่งมหาวิทยาลัยซอร์บอน ประเทศฝรั่งเศส เป็นที่ปรึกษาในการขุดแต่งในส่วนต่างๆ ดังนี้

1. ขุดแต่งด้านตะวันตกเฉียงเหนือของเจดีย์จุลประโทนทั้งหมด
2. ขุดแต่งบางส่วนของทิศตะวันตกเฉียงใต้
3. บูรณะด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือ