กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนเจดีย์จุลประโทนเป็นโบราณสถานไว้ในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 57 หน้า 2527 วันที่ 22 ต.ค. พ.ศ. 2483 [2]แต่เดิม ณ บริเวณสถานที่แห่งนั้นเป็นเพียงเนินอิฐที่มีต้นไม้ขึ้นรกปกคลุมธรรมดาไม่มีอะไรน่าสนใจ และไม่ปรากฏว่ามีชื่อเรียกสถานที่แห่งนั้นอย่างเป็นทางการ มีเพียงแต่ชื่อที่ชาวบ้านเรียกกันติดปากสั้นๆว่า “เนินหิน” เพราะในอดีตบริเวณดังกล่าวเป็นเนินมีอิฐ หิน กระจายอยู่ทั่วไป ต่อมาได้มีการขุดค้นเนินหินแห่งนั้นครั้งแรกอย่างเป็นทางการ ในปี พ.ศ. 2482 - 2483 โดย ปิแอร์ ดูปองต์ แห่งสำนักปลายบูรพาทิศฝรั่งเศส ทำการขุดค้นร่วมกับกรมศิลปากร ภายใต้การนำของหลวงบริบาลบุรีภัณฑ์ได้ร่วมกันทำการขุดค้น ณ ที่บริเวณเนินอิฐแห่งนั้น

การค้นพบครั้งแรก

ลักษณะทางสถาปัตยกรรมที่ค้นพบเป็นครั้งแรกภายหลังการขุดค้นโดยกรมศิลปากรร่วมกับ ปิแอร์ ดูปองต์ แห่งสำนักปลายบูรพาทิศฝรั่งเศส ในระยะแรกของเจดีย์จุลประโทนพบเพียงฐานเจดีย์รูปทรงสี่เหลี่ยมจัตุรัสมีการย่อมุมของฐานเจดีย์เพียงเล็กน้อย แต่ละด้านประดับด้วยพระพุทธรูปยืนปูนปั้น 5 องค์ภายในซุ้มส่วนกลางนี้ตั้งอยู่บนฐานซึ่งมีมีแผนผังสี่เหลี่ยมจัตุรัสเช่นเดียวกันแต่กว้างกว่าเล็กน้อย ด้านหน้าฐานประดับด้วยลวดบัวและบนมุมที่ยื่นออกไปประดับด้วยมกรเป็นภาพนูน

ทั้งหมดนี้ตั้งอยู่เหนือลานประทักษิณรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ด้านหน้าลานประทักษิณประกอบด้วยแผ่นภาพ เป็นรูปครุฑและรูปช้างกำลังเดิน ทั้งหมดมีลานล้อมรอบอีกชั้นหนึ่ง บันได 4 ทิศ มีบันไดชั้นล่างเป็นรูปครึ่งวงกลมได้นำขึ้นไปสู่ลานประทักษิณ บันไดนี้มีสิงห์สลักอยู่ที่ด้านข้าง และมีราวบันไดออกมาจากปากของรูปสัตว์

การค้นพบครั้งที่สอง

เมื่อ พ.ศ. 2511 จากการที่รถแทรกเตอร์ของกรมทางหลวง ที่กำลังก่อสร้างทางหลวงสาย เพชรเกษม เส้นทางระหว่าง กรุงเทพฯ - นครปฐม เนื่องจากมีความประสงค์ที่จะปรับหน้าดินให้เรียบเสมอกัน เพื่อใช้สำหรับเป็นที่เก็บเครื่องจักรของกรมทางหลวง ระหว่างที่เครื่องจักรกำลังดำเนินการอยู่นั้นก็บังเอิญได้ขุดเอารูปแผ่นภาพปูนปั้นและดินเผาที่อยู่ใต้พื้นดินขึ้นมาอย่างมิได้ตั้งใจ[3] และท่านเจ้าอาวาสวัดพระประโทนเจดีย์ในขณะนั้นเมื่อทราบเรื่องจึงได้พยายามที่จะนำไปเก็บรักษาไว้โดยที่นำไปติดไว้ที่เจดีย์ในวัดพระประโทน ทางกรมศิลปากรเมื่อทราบเรื่องจึงได้เริ่มทำการขุดค้นขึ้นเป็นครั้งที่สอง และนำโบราณวัตถุที่ค้นพบได้ไปจัดเก็บไว้เป็นหลักฐานเป็นกรณีศึกษาในขั้นต่อไป (ในขณะนั้น) เพื่อป้องกันการชำรุด และถูกทำลาย โดยนำโบราณวัตถุที่ค้นพบได้ไปจัดเก็บไว้ ณ พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ อู่ทอง จังหวัดสุพรรณบุรี และต่อมาจึงนำโบราณวัตถุดังกล่าวกลับมาจัดแสดง ณ พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระปฐมเจดีย์ โดยที่ยังคงหลงเหลือโบราณวัตถุบางส่วนที่นำไปจัดแสดง ณ พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร