ตามตำนาน เจดีย์ชเวดากองนั้นสร้างเมื่อ 2,500 ปีที่แล้ว แต่นักประวัติศาสตร์และนักโบราณคดีเชื่อกันว่าสร้างระหว่างคริสต์ศตวรรษที่ 6-10 โดยชาวมอญ[3] ตามตำนานนั้นกล่าวว่ามีพี่น้องพ่อค้า 2 คนคือ ตปุสสะและภัลลิกะ จากตอนเหนือของเนินเขาสิงคุตระ ได้ไปเข้าเฝ้าพระพุทธเจ้า พระองค์จึงประทานพระเกศาให้พ่อค้าทั้งสองมา 8 เส้น พ่อค้าทั้งสองกลับมายังพม่าและได้ความช่วยเหลือจากผู้ปกครองท้องถิ่น พระราชาโอกะละปา ในการประดิษฐานพระเกศาธาตุบริเวณเนินเขาสิงคุตระ

องค์เจดีย์ได้ถูกทิ้งร้างทรุดโทรมจนมาถึงคริสต์ศตวรรษที่ 14 พระยาอู่ (ค.ศ. 1323-1384) ได้ทรงบูรณะเจดีย์ให้มีความสูง 18 เมตร (59 ฟุต) ศตวรรษต่อมาพระนางเชงสอบู (ค.ศ. 1453-1472) ได้ทรงบูรณะเจดีย์ให้มีความสูงถึง 40 เมตร (131 ฟุต) ได้ทำการปรับเปลี่ยนเนินซึ่งเป็นที่ตั้งขององค์เจดีย์ให้เป็นฐานเจดีย์ลาดเป็นชั้น ๆ แบบขั้นบันได และปูพื้นด้านบนของฐานด้วยแผ่นหิน พระนางรับสั่งให้มีการบำรุงรักษาองค์เจดีย์ต่อไปแก่พระเจ้าธรรมเจดีย์ ซึ่งครองราชสมบัติต่อหลังพระนางสละราชสมบัติ ในช่วงบั้นปลายพระชนม์ชีพพระนางได้วางแท่นบรรทมให้มองเห็นองค์เจดีย์ มีการจารึกรายชื่อผู้ที่มีส่วนร่วมในการบูรณะปฏิสังขรณ์องค์เจดีย์ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1436 จนกระทั่งการบูรณะเสร็จสิ้นในรัชสมัยพระเจ้าธรรมเจดีย์เมื่อต้นคริสต์ศตวรรษที่ 16 ต่อมาเจดีย์ชเวดากองได้กลายเป็นสถานที่แสวงบุญของพุทธศาสนิกชนที่มีชื่อเสียงที่สุดในพม่า[4]

แผ่นดินไหวเล็ก ๆ น้อย ๆ เรื่อยมาทำให้เจดีย์ได้รับความเสียหาย และเมื่อปี ค.ศ. 1768 ได้เกิดแผ่นดินไหวอย่างหนัก ทำให้ยอดของเจดีย์หักถล่มลงมา แต่ได้มีการบูรณะให้สูงขึ้นถึง 99 เมตร (325 ฟุต) ฉัตรองค์ใหม่สำหรับประดับยอดเจดีย์ได้รับการถวายจากพระเจ้ามินดง เมื่อปี ค.ศ. 1871 หลังการผนวกดินแดนพม่าตอนล่างโดยอังกฤษ แผ่นดินไหวที่มีความรุนแรงปานกลางในเดือนตุลาคม ปี ค.ศ. 1970 ทำให้เพลาฉัตรบนยอดองค์เจดีย์ได้รับความเสียหาย มีการสร้างโครงและซ่อมแซมครั้งใหญ่

เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ - 7 มีนาคม ค.ศ. 2012 มีเทศกาลเฉลิมฉลองประจำปีของเจดีย์ชเวดากองเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ปี ค.ศ. 1988 หลังถูกห้ามโดยสภาสันติภาพและการพัฒนาแห่งรัฐ ที่ปกครองประเทศในขณะนั้น[5][6] เทศกาลเจดีย์ชเวดากองเป็นเทศกาลเจดีย์ที่ใหญ่ที่สุดในประเทศ เริ่มต้นตั้งแต่วันขึ้น 1 ค่ำ เดือนตะบอง (Tabaung) ไปจนถึงวันขึ้น 15 ค่ำ ตามปฏิทินพม่าแบบดั้งเดิม[6]