เจนตามัยซินเป็นยาปฏิชีวนะที่ได้จากกระบวนการหมักของแบคทีเรียสายพันธุ์ Micromonospora purpurea ถูกค้นพบในปี ค.ศ. 1963 โดยคณะวิจัยของไวน์สไตน์ (Weinstein MJ) และแวกมัน (Wagman GH) ในห้องทดลองของบริษัทเชอริ่ง-พลาว ในเมืองบลูมฟิลด์ รัฐนิวเจอร์ซีย์ ประเทศสหรัฐอเมริกา จากตัวอย่างดินที่ได้รับมาจากริโก วอยเชียสจีส (Rico Woyciesjes)[10] ซึ่งต่อมาได้มีการคิดค้นวิธีการสกัดเจนตามัยซินบริสุทธิ์ได้สำเร็จ จากนั้นคณะวิจัยของบริษัทเชอริ่ง-พลาว ซึ่งนโดยเดวิด คูเปอร์ (Divid J. Cooper) ได้ทำการศึกษาโครงสร้างของยาดังกล่าวและสามารถโครงสร้างถึงโครงสร้างนั้นได้เป็นผลสำเร็จในปี ค.ศ. 1971[11] โดยในระยะแรกหลังจากค้นพบนั้น เจนตามัยซินมักถูกใช้เป็นยาใช้ภายนอกในรูปแบบยาทาสำหรับแผลไฟไหม้น้ำร้อนลวกในหน่วยทหารของเมืองแอตแลนตาและแซนแอนโทนีโอ ต่อมาได้มีการพัฒนาเป็นยาสำหรับฉีดเข้าหลอดเลือดดำในปี ค.ศ. 1971 เพื่อใช้ในการรักษาภาวะพิษเหตุติดเชื้อจวบจนปัจจุบัน[12]

เจนตามัยซินสามารถถูกสังเคราะห์ขึ้นได้จากแบคทีเรียสกุลไมโครมอนอสปอรา ซึ่งเป็นแบคทีเรียจำพวกแกรมบวกที่พบได้ทั่วไปในธรรมชาติ (ดินและน้ำ) โดยยาปฏิชีวนะที่มีแหล่งที่มาจากแบคทีเรียสายพันธุ์นี้จะสามารถระบุได้จากพยางค์ต่อท้ายที่มักลงท้ายด้วย ~micin เช่น Verdamicin–เวอร์ดามัยซิน, Mutamicin–มูทามัยซิน, Sisomicin–ซิโซมัยซิน, Netilmicin–เนติลมัยซิน และ Retymicin–รีทีมัยซิน ซึ่งแตกต่างจากยาอื่นในกลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ที่สกัดได้จากสกุลสเตรปโตมัยซิสที่มักมีชื่อลงท้ายด้วย ~mycin[13]