เมื่อวันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2432 มกุฎราชกุมารรูดอล์ฟ พระสวามีสิ้นพระชนม์ ณ คฤหาสน์ล่าสัตว์มาเยอร์ลิ่ง พร้อมด้วยบารอนเนสแมรี่ เว็ทเซร่า นางสนมลับของพระองค์ สาเหตุการสิ้นพระชนม์ เนื่องจากพระองค์ทรงใช้ปืนส่วนพระองค์ยิงบารอนเนสแมรี่ถึงแก่ความตาย จากนั้นก็ทรงใช้ปืนยิงพระองค์สิ้นพระชนม์ตาม การสิ้นพระชนม์ของพระองค์นี้ สร้างความโศกเศร้าเสียใจแก่อาร์ชดัชเชสสเตฟานี่ พระชายาเป็นอย่างมาก เป็นการทำลายความหวังที่จะเริ่มต้นชีวิตคู่ครั้งใหม่ในอนาคต หลังจากการสิ้นพระชนม์ของพระสวามี ทำให้พระองค์ต้องประทับอยู่อย่างเดียวดาย ถึงแม้ว่าจะมีพระธิดาประทับด้วย แต่พระองค์ก็ยังทรงรู้สึกเดียวดาย ประกอบกับพระองค์ ทรงมีความขัดแย้งกับสมเด็จพระราชาธิบดีลีโอโพลด์ พระราชบิดาถึงการที่ทรงถอนพระองค์ออกจากลำดับการสืบสันตติวงศ์ราชบัลลงก์เบลเยียม พระองค์จึงได้ออกจากราชสำนักออสเตรีย โดยทรงแยกมาอยู่ในพระตำหนักส่วนพระองค์พร้อมด้วยพระธิดาตั้งแต่บัดนั้น เป็นต้นมา โดยพระองค์ทรงใช้พระยศใหม่ที่ทรงตั้งขึ้นมาเอง เช่น เค้านท์เตสลาโครมา (The Countess Lacroma) เค้านท์เตสเอ็พแพน (The Countess Eppan) เค้านท์เตสก๊อดเรคอร์ต (The Countess Godrecourt) หรือ เลดีบองเชิร์ช (The Lady Bonchurch) เป็นต้น