เมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2443 พระองค์ทรงได้อภิเษกสมรสครั้งใหม่กับ เค้านท์เอลแมร์ ลอนไย ซึ่งเป็นเค้านท์ชาวฮังการี โดยงานอภิเษกสมรสครั้งนี้ สมเด็จพระจักรพรรดิฟรานซ์ โจเซฟที่ 1 แห่งออสเตรียทรงมีส่วนร่วมด้วย โดยหลังจากอภิเษกสมรสแล้ว สมเด็จพระจักรพรรดิทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมสถาปนาเค้านท์เอลแมร์ เป็นเจ้าชายแห่งลอนไย (The Prince Lónyai, Fürst von Lónyai) ทั้ง 2 พระองค์ทรงไม่มีพระโอรสหรือพระธิดาด้วยกัน โดยทั้ง 2 พระองค์ทรงย้ายไปประทับอยู่ที่พระตำหนักออโรสวาร์ ทางตะวันตกของประเทศฮังการี

เมื่อปีพ.ศ. 2478 พระองค์ทรงเขียนหนังสือ และตีพิมพ์วางจำหน่ายตามที่ต่างๆ ยกเว้นออสเตรีย เรื่อง Ich Sollte Kaiserin Werden หรือ I Was To Be Empress

เจ้าหญิงสเตฟานี สิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2488 รวมพระชันษาทั้งหมด 81 ชันษา