องค์กรฝ่ายพลเรือน

1. คณะมนตรีแอตแลนติกเหนือ (อังกฤษ: North Atlantic Council - NAC) เป็นองค์กรหลักรับผิดชอบต่อการตัดสินใจในเรื่องต่างๆ ของเนโทที่เกี่ยวกับการตีความสนธิสัญญาและการนำไปปฏิบัติ คณะมนตรีฯ ประกอบด้วยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม หรือรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังของประเทศสมาชิก มีการประชุมอย่างน้อยปีละ 2 ครั้ง

1. สำนักงานเลขาธิการเนโท ตั้งอยู่ที่กรุงบรัสเซลส์ ประเทศเบลเยียม มีหน้าที่บริหารงานทั่วไปขององค์กร รวมถึงการวางแผนนโยบาย หัวหน้า สนง. / เลขาธิการเนโท คนปัจจุบัน คือ นาย Jaap de Hoop Scheffer (อดีต รมว. กต. เนเธอร์แลนด์) เข้ารับตำแหน่งเมื่อปี 2547

องค์กรฝ่ายทหาร

• คณะกรรมาธิการทางทหาร (The Military Committee) มีหน้าที่ให้คำแนะนำด้านการทหารแก่คณะมนตรีและผู้บัญชาการกองกำลังผสม ประกอบด้วยเสนาธิการทหารของทุกประเทศภาคี ยกเว้นฝรั่งเศส และไอซ์แลนด์ (ซึ่งไม่มีกำลังทหาร) มีการประชุมอย่างน้อยปีละ 2 ครั้ง โดยเนโทได้แบ่งเขตยุทธศาสตร์ตามภูมิศาสตร์เป็น 3 เขต คือ

1. เขตยุโรป (อังกฤษ: The European Command) อยู่ภายใต้การดูแลของผู้บัญชาการกองกำลังผสมยุโรป (Supreme Allied Commander Europe - SACEUR) โดยมีกองบัญชาการ เรียกว่า Supreme Headquaters Allied Powers Europe (SHAPE) ประกอบด้วยกองกำลังเคลื่อนที่เร็วจากประเทศสมาชิก ซึ่งพร้อมจะปฏิบัติการได้ทันที เขตการรับผิดชอบ คือ แอฟริกาเหนือ เมดิเตอร์เรเนียน ยุโรปกลาง และยุโรปเหนือ ยกเว้นโปรตุเกส และสหราชอาณาจักร SHAPE มีกองบัญชาการย่อยในยุโรปเหนือที่เมืองโคสชัส ประเทศนอรเวย์ ในยุโรปกลางที่เมืองบรุนส์ชุน ประเทศเนเธอร์แลนด์ ในยุโรปใต้ที่เมือง Naples ประเทศอิตาลี

1. เขตแอตแลนติก (อังกฤษ: The Atlantic Ocean Command) อยู่ภายใต้การดูแลของ Supreme Allied Commander Atlantic (SACLANT) เขตการรับผิดชอบตั้งแต่ขั้วโลกเหนือถึงเส้น Tropic of Cancer และจากฝั่งสหรัฐอเมริกาถึงยุโรป SACLANT มีหน้าที่หลักในการพิทักษ์เส้นทางเดินเรือในเขตแอตแลนติก ซึ่งเน้นลักษณะการปฏิบัติการกองกำลังทัพเรือแอตแลนติก (Standing Naval Force Atlantic -- STANA RR LNT) มีกองบัญชาการตั้งอยู่ที่ Norfolk สหรัฐฯ

1. เขตช่องแคบ (อังกฤษ: The Channel Command) อยู่ภายใต้การดูแลของ Allied Commander in Chief Channel – CINCHAN) เขตการรับผิดชอบบริเวณช่องแคบอังกฤษ และทะเลเหนือตอนใต้ ทำหน้าที่คุ้มครองป้องกันเรือพาณิชย์ในเขตประสานงานกับ SACEUR ในการป้องกันภัยทางอากาศในเขตช่องแคบ CINCHAN มีกองกำลังเรือรบอยู่ภายใต้การควบคุมเรียกว่า Standing Naval Force Channel (STANAFORCHAN) มีกองบัญชาการอยู่ที่ Nortwood สหราชอาณาจักร