เมื่อวันที่ 24 ธันวาคม ค.ศ. 2012 เจค มุลเลอร์ (พากย์โดยทรอย เบเคอร์) ลูกชายของอัลเบิร์ต เวสเกอร์ ผู้ก่อการร้ายชีวภาพที่ล่วงลับ ได้หลบหนีเจ้าหน้าที่ท้องถิ่นในระหว่างการโจมตีผู้ก่อการร้ายทางชีวภาพในเอโดเนีย เขาร่วมมือกับเจ้าหน้าที่กองปฏิบัติการเฝ้าระวังความมั่นคง (DSO) และผู้รอดชีวิตจากแร็กคูนซิตี เชอร์รี เบอร์กิน (พากย์โดยอีเดน รีเกล) และได้เรียนรู้ว่าเธอต้องแยกเขาออกจากประเทศเพื่อสร้างวัคซีนสำหรับไวรัสซี อย่างไรก็ตาม พวกเขาถูกตามล่าโดยอุสตานัก ซึ่งเป็นอาวุธชีวภาพที่น่ากลัว ในขณะเดียวกัน ทีมจู่โจมของหน่วยต่อต้านการก่อการร้ายด้วยอาวุธชีวภาพ (BSAA) ที่นำโดยคริส เรดฟีลด์ (พากย์โดยโรเจอร์ เคร็ก สมิธ) และเพียร์ส นีวานส์ (พากย์โดยคริสโตเฟอร์ เอเมอร์สัน) ได้กรีธาพลไปต่อสู้กับประชากรในพื้นที่ที่ติดเชื้อ อย่างไรก็ตาม พวกเขาถูกโจมตีโดยผู้นำของนีโออัมเบรลลา ซึ่งอ้างถึงตัวเองว่าเป็นเอดา วอง (พากย์โดยคอร์ติเนย์ เทย์เลอร์) เธอฆ่าสมาชิกหน่วยต่อต้านการก่อการร้ายด้วยอาวุธชีวภาพเกือบทั้งหมด โดยใช้อุปกรณ์ที่ฉีดไวรัสซี โดยทำให้พวกเขากลายเป็นสัตว์ประหลาด ยกเว้นคริสและเพียร์ส คริสเข้าสู่การเนรเทศด้วยตนเอง และทนทุกข์กับการจำเหตุการณ์หลังเกิดเหตุไม่ได้ ในขณะเดียวกัน การแยกของเชอร์รีและเจคโดยหน่วยต่อต้านการก่อการร้ายด้วยอาวุธชีวภาพก็ถูกก่อวินาศกรรม ส่งผลให้พวกเขาต้องตกลงไปในภูเขา ซึ่งพวกเขาถูกจับโดย "เอดา" เป็นเวลาหกเดือน

เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน ค.ศ. 2013 ประธานาธิบดีสหรัฐ อดัม เบนฟอร์ด (พากย์โดยไมเคิล โดโนแวน) พยายามเปิดเผยความจริงต่อสาธารณชนถึงเบื้องหลังเหตุการณ์แร็กคูนซิตีใน ค.ศ. 1998 และการติดต่อของรัฐบาลกับอัมเบรลลา เพื่อยุติกิจกรรมการก่อการร้ายทางชีวภาพเพิ่มเติม อย่างไรก็ตาม สถานที่พบปะกันในเมืองทอลโอ๊กส์ของอเมริกาถูกโจมตีอีกครั้ง ซึ่งทำให้ประธานาธิบดีติดเชื้อ ส่วนผู้รอดชีวิต ได้แก่ ลีออน เอส. เคนเนดี (พากย์โดยแมทธิว เมอร์เซอร์) ซึ่งเป็นเจ้าหน้าที่กองปฏิบัติการเฝ้าระวังความมั่นคงและผู้รอดชีวิตจากแร็กคูนซิตี และเฮเลนา ฮาเปอร์ (พากย์โดยลอรา ไบเลย์) ซึ่งเป็นเจ้าหน้าที่หน่วยสืบราชการลับของสหรัฐ ได้ถูกบังคับให้ฆ่าเขา ทั้งคู่เผชิญหน้ากับเอดา วอง ตัวจริง (พากย์โดยเทย์เลอร์เช่นกัน) และลีออนได้เรียนรู้ว่าที่ปรึกษาความมั่นคงแห่งชาติ เดริก ซิมมอนส์ (พากย์โดยเดวิด ลอดจ์) เป็นพันธมิตรกับนีโออัมเบรลลา และต้องรับผิดชอบในการโจมตี ลีออนและเฮเลนาไล่ตามซิมมอนส์ไปยังเมืองหลานเสียง ประเทศจีน ในขณะที่พวกเขาแกล้งตาย ซึ่งในเวลาเดียวกัน เจคและเชอร์รีก็ได้หลบหนีการถูกจองจำในเมืองดังกล่าว

คริสกลับมารับหน้าที่ในหน่วยต่อต้านการก่อการร้ายด้วยอาวุธชีวภาพพร้อมกับเพียร์สและทีมใหม่ โดยมาถึงเมืองหลานเสียงที่ถูกปิดล้อม คริสฟื้นจากความจำเสื่อมและพยายามแก้แค้นเอดา อันส่งผลให้ทีมของเขาบาดเจ็บล้มตาย คริสและเพียร์สเผชิญหน้ากับเอดา จนกระทั่งลีออนเข้ามาแทรกแซง หลังจากได้รับแจ้งจากลีออน คริสและเพียร์สไล่ตาม "เอดา" ไปที่เรือบรรทุกอากาศยาน โดยทำลายขีปนาวุธร่อนที่เต็มไปด้วยไวรัสซี ลีออน, เฮเลนา, เชอร์รี และเจค ได้เผชิญหน้ากับซิมมอนส์ที่มีส่วนเกี่ยวข้องกับการระบาดของโรค ที่เชอร์รีส่งข้อมูลทางการแพทย์ของเจคให้ลีออนอย่างลับ ๆ ในกรณีที่พวกเธอถูกจองจำ ลีออนและเฮเลนาไล่ต้อนซิมมอนส์ ผู้ติดเชื้อจาโว ซึ่งเขาสารภาพว่าได้สังหารประธานาธิบดีเพื่อรักษาความมั่นคงของชาติ ทั้งสองเห็นซิมมอนส์ที่กลายพันธุ์ขณะที่เชอร์รีและเจคถูกจับอีกครั้ง เมื่อกำลังพยายามที่จะออกจากเมือง ลีออนและเฮเลนาได้รับการเตือนจากคริสว่ามีการยิงขีปนาวุธ แต่ก็สายเกินไปที่พวกเขาจะหยุดยั้งมัน ลีออนเปิดเผยตัวจริงของเจคให้คริสรู้ และให้เขาช่วยเหลือเจคและเชอร์รีในแท่นขุดเจาะน้ำมันระยะไกล ด้วยความช่วยเหลือของเอดา ลีออนและเฮเลนาจึงปลิดชีวิตซิมมอนส์

ที่แท่นขุดเจาะน้ำมัน คริสและเพียร์สมุ่งหน้าไปใต้ดิน เพื่อปลดปล่อยเจคและเชอร์รีจากการถูกจองจำ ก่อนที่จะป้องกันการโจมตีด้วยอาวุธชีวภาพขนาดใหญ่ที่ชื่อฮาออส และด้วยความพยายามอย่างยิ่งยวดที่จะช่วยชีวิตคริสที่ได้รับบาดเจ็บอย่างหนัก เพียร์สจึงฉีดไวรัสซีให้ตัวเองเพื่อช่วยพลิกช่วงระยะเวลาการต่อสู้ เขากำจัดฮาออสก่อนที่จะอพยพ เมื่อรู้ว่าการกลายพันธุ์จะเลวร้ายลง เพียร์สจึงเสียสละตัวเองด้วยการเร่งเร้าคริสไปที่ห้องโยงหลบหนี โดยใช้ความสามารถของเขาทำลายฐาน ในขณะเดียวกัน เจคและเชอร์รีก็หนีออกจากสถานที่แห่งนี้ และฆ่าอุสตานักขณะที่พวกเขาอาศัยแท่นปล่อยจรวดขึ้นสู่ผิวน้ำ

เอดาผู้แอบอ้างเป็นนักวิทยาศาสตร์ชื่อคาร์ลา ราดาเมส ซึ่งถูกซิมมอนส์บังคับให้แปลงตัวเป็นเอดา ส่วนเอดาตัวจริงกำลังช่วยเหลือลีออนและเชอร์รีในขณะที่ทำลายห้องทดลองนีโออัมเบรลลาในหลานเสียง แม้ว่าจะถูกสันนิษฐานว่าเสียชีวิตหลังจากถูกยิงโดยทหารคนหนึ่งของซิมมอนส์ คาร์ลาพยายามโจมตีเอดาเป็นครั้งสุดท้ายหลังจากฉีดไวรัสซีในปริมาณที่รุนแรง แต่เธอก็ถูกฆ่า หลังจากช่วยเหลือลีออนและเฮเลนาในการต่อสู้กับซิมมอนส์ เอดาได้ทำลายห้องทดลองที่ร่างโคลนของเธอได้รับการพัฒนา และยอมรับงานใหม่ ลีออนและเฮเลนาได้เคลียร์หน้าที่ ด้านคริสยังคงอยู่กับหน่วยต่อต้านการก่อการร้ายด้วยอาวุธชีวภาพในการบังคับบัญชาของทีมใหม่ ด้วยการเอาชนะความผิดของเขา ส่วนเชอร์รียังคงปฏิบัติหน้าที่ในฐานะตัวแทนกองปฏิบัติการเฝ้าระวังความมั่นคง และเจคได้เริ่มต้นชีวิตใหม่ในการต่อสู้กับอาวุธอินทรีย์ชีวภาพ (B.O.W.) ในประเทศที่ด้อยพัฒนา ซึ่งตัวตนของเขาได้รับการปกปิดโดยหน่วยต่อต้านการก่อการร้ายด้วยอาวุธชีวภาพ