แม้เวกเตอร์ไวรัสจะดัดแปลงเพื่อประยุกต์ใช้โดยเฉพาะ ๆ แต่ปกติก็มีคุณสมบัติสำคัญบางอย่างคล้าย ๆ กัน

• ปลอดภัย - แม้เวกเตอร์ไวรัสบางครั้งจะทำมาจากไวรัสก่อโรค แต่ก็จะดัดแปลงเพื่อลดความเสี่ยงในการจัดการไวรัส ปกติเป็นการลบ (deletion) จีโนมที่สำคัญยิ่งในการถ่ายแบบ/การขยายพันธุ์ไวรัส (viral replication) ไวรัสเช่นนี้จึงสามารถทำให้เซลล์ติดเชื้อได้อย่างมีประสิทธิภาพ แต่หลังจากเซลล์ติดเชื้อแล้ว ก็จะต้องมีไวรัสตัวช่วยเพื่อให้ได้โปรตีนที่ขาดหายไปเมื่อผลิตอนุภาคไวรัส (virion) ใหม่ ๆ
• มีพิษน้อย - เวกเตอร์ไวรัสควรมีผลทางสรีรวิทยาน้อยต่อเซลล์ที่ติดเชื้อ
• เสถียร - ไวรัสบางอย่างไม่เสถียรคือสามารถจัดวางจีโนมของตนใหม่ได้อย่างรวดเร็ว ซึ่งทำให้กิจที่ใช้ไวรัสคาดการและทำซ้ำไม่ได้ ปกติจึงหลีกเลี่ยงไวรัสเช่นนี้
• เฉพาะเจาะจงต่อชนิดเซลล์ - เวกเตอร์ไวรัสโดยมากสร้างเพื่อทำให้เซลล์ชนิดต่าง ๆ มากที่สุดติดเชื้อ แต่บางครั้ง ก็ต้องการคุณสมบัติตรงกันข้าม หน่วยรับของไวรัส (viral receptor) สามารถดัดแปลงให้เล็งเป้าที่เซลล์ชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ การดัดแปลงไวรัสเช่นนี้เป็นกระบวนการ pseudotyping
• เป็นตัวระบุ - เวกเตอร์ไวรัสมักประกอบกับยีนที่ช่วยระบุว่าเซลล์ใดติดเชื้อไวรัสนั้น ยีนเช่นนี้เรียกว่า marker (ยีนส่อ) ยีนส่อที่สามัญเป็นการดื้อยาปฏิชีวนะบางชนิด เซลล์จึงสามารถแยกออกได้ง่าย เพราะเซลล์ที่ไม่ได้ยีนของเวกเตอร์ไวรัสก็จะไม่ดื้อยาปฏิชีวนะ จึงไม่สามารถขยายพันธุ์ในที่เพาะอันมียาปฏิชีวนะนั้น ๆ