นักสิ่งแวดล้อมกล่าวว่า "ในการแก้ปัญหาแก๊สเรือนกระจก ไฮโดรเจนเป็นทางเลือกที่มีประสิทธิภาพต่ำที่สุด และมีราคาแพงที่สุด" และ "การนำพลังงานที่สกปรกมาฟอกให้สะอาด ไม่ได้แก้ปัญหามลภาวะแต่อย่างใด เพียงแต่ย้ายปัญหาไปรอบๆเท่านั้นเอง"

มีความกังวลหลายเรื่องเกี่ยวกับผลกระทบของการผลิตไฮโดรเจน การนำเชื้อเพลิงฟอสซิลมาทำ reforming ทำให้เกิดคาร์บอนไดอ๊อกไซด์ขึ้นไปบนชั้นบรรยากาศมากกว่าการนำไปใช้โดยตรงกับเครื่องสันดาปภายในเสียอีก ในทางเดียวกัน ถ้าใช้วิธี electrolysis แต่ใช้ไฟฟ้าจากเชื้อเพลิงฟอสซิล ก็ทำให้เกิดคาร์บอนไดอ๊อกไซด์เหมือนกัน

การใช้ไฟฟ้าจากพลังงานทดแทนในกระบวนการ electrolysis ต้องใช้พลังงานมากกว่านำไฟฟ้าไปให้พลังกับรถไฟฟ้า เพราะเกิดการสูญเสียในขบวนการผลิตมีหลายขั้นตอน

เครื่องสันดาปภายในที่ใช้เชื้อเพลิงไฮโดรเจนอาจทำให้เกิดไนตรัสอ๊อกไซด์และมลภาวะอื่นๆ อากาศที่ป้อนเข้าไปในกระบอกสูบมี ไนโตรเจนประมาณ 78% และ โเลกุลของ N2 มีพลังงานผูกมัดอยู่ 226 กิโลแคลอรี/mol ปฏิกิริยาของไฮโดรเจนมีพลังมากพอที่จะแยกการผูกมัดนี้ และทำให้เกิดส่วนประกอบที่ไม่ต้องการ เช่น กรดไนตริค (HNO3) และแก๊สไฮโดรเจนไซยาไนด์ (HCN) ซึ่งเป็นพิษทั้งสองตัว สารประกอบไนโตรเจนที่ออกมาจากเครื่องสันดาปภายในเป็นต้นเหตุของหมอกและควัน ไฮโดรเจนที่ใช้ในการขนส่งจะใช้เซลล์เชื้อเพลิง ซึ่งไม่ทำให้เกิดแก๊สเรือนกระจก ผลิตแต่น้ำ

ยังมีข้อกังวลในเรื่องความเป็นไปได้ของการรั่วไหลของแก๊สไฮโดรเจนที่อาจสร้างปัญหาได้ โมเลกุลของไฮโดรเจนรั่วออกจากภาชนะที่ใส่มันอยู่เสมอ สันนิษฐานว่าแก๊สไฮโดรเจนอาจเปลี่ยนรูปเป็นธาตุดั้งเดิมของมัน คือ H ในชั้นสตราโตสเฟีย และกลายเป็นตัวเร่งให้โอโซนหายไป อย่างไรก็ตามปัญหานี้ อาจไม่ส่งผลอย่างมีนัยสำคัญ ปริมาณของไฮโดรเจนที่รั่วไหล มีน้อยกว่าที่มีการคาดการณ์ไว้มาก ตัวอย่างเช่น ในเยอรมนี อัตราการรั่วมีประมาณ 0.1% เท่านั้น (น้อยกว่าแก๊สธรรมชาติรั่วที่ 0.7%) อย่างมากสุด ก็ไม่เกิน 1% ด้วยเทคโนโลยีปัจจุบัน