ไฮโดรเจนถูกนำเสนอเพื่อที่จะแก้ปัญหาผลกระทบทางด้านลบอันเนื่องมาจากการใช้เชื้อเพลิงที่เป็นไฮโดรคาร์บอน

ในสถาวะปัจจุบัน การขนส่งต้องใช้เชื้อเพลิงปิโตรเลียมเป็นหลัก ทำให้เกิดคาร์บอนไดอ๊อกไซด์และมลภาวะอื่นๆ ความต้องการเชื้อเพลิงไฮโดรคาร์บอนเพิ่มมากขึ้นอย่างต่อเนื่องจากประเทศจีน อินเดีย และประเทศที่กำลังพัฒนาทั้งหลาย

ผู้สนับสนุนในการนำไฮโดรเจนมาใช้ให้เหตุผลว่า จะช่วยลดผลกระทบจากมลพิษได้มากถ้าสามารถผลิตไฮโดรเจนได้ในจุดที่ใช้งานได้เลย

ไฮโดรเจนให้พลังงานต่อหน่วยสูง การนำไปใช้กับเครื่องสันดาปภายใน อาจให้ประสิทธิภาพสูงถึง 38% สูงกว่าการใช้แก๊สโซลีนกว่า 8% ถ้าใช้ทั้งเซลล์เชื้อเพลิงและมอเตอร์ไฟฟ้า จะได้ประสิทธิภาพสูงกว่าเครื่องสันดาปภายใน 2-3 เท่า แต่เซลล์เชื้อเพลิงมีราคาสูงมาก ประมาณ 165,000 บาทต่อกิโลวัตต์ (ราคาปี 2002) มีประสิทธิภาพในทางเทคนิคแต่ไม่มีประสิทธิภาพทางเศรษฐศาสตร์[1]

ปัญหาอีกอย่างหนึ่งคือประเด็นทางด้านการเก็บรักษาและความบริสุทธ์ของไฮโดรเจนเมื่อนำมาใช้กับเซลล์เชื้อเพลิง ด้วยเทคโนโลยีปัจจุบัน เซลล์เชื้อเพลิงต้องการไฮโดรเจนบริสุทธ์ถึง 99.9999%