เสือจากัวร์เป็นสัตว์ที่มีถิ่นกระจายพันธุ์กว้างขวางมาก และแบ่งออกเป็นชนิดย่อย ๆ ได้ดังนี้[2]

• P. o. arizonensis (Goldman, 1932) – จากัวร์แอริโซนา
• P. o. centralis (Mearns, 1901) – จากัวร์อเมริกากลาง
• P. o. goldmani (Mearns, 1901) – จากัวร์คาบสมุทรยูกาตัง
• P. o. hernandesii (Gray, 1857) – จากัวร์เม็กซิโกตะวันตก
• P. o. onca (Linnaeus, 1758) – จากัวร์บราซิลตะวันออก
• P. o. palustris (Ameghino, 1888) – จากัวร์ใต้แห่งแม่น้ำแอมะซอน
• P. o. paraguensis (Hollister, 1914) – จากัวร์ปารากวัย
• P. o. peruviana (de Blainville, 1843) – จากัวร์เปรู
• P. o. veraecrucis (Nelson & Goldman, 1933) – จากัวร์ตะวันออกเฉียงเหนือ