เสือจากัวร์ชอบน้ำเป็นพิเศษ อาศัยในป่าใกล้แม่น้ำ ทะเลสาบ หรือลำธาร และยังพบในที่ราบหรือทุ่งหญ้าที่น้ำท่วมในฤดูน้ำหลากด้วย เช่นที่ปันตานัลในบราซิลและยาโนสในเวเนซุเอลา ทุ่งปัมปัส บางครั้งก็พบหากินในป่าไม้แคระและทุ่งหญ้าด้วย ปกติจากัวร์ชอบที่ต่ำมากกว่าบนป่าเขา ไม่เคยพบในที่ราบสูงของเม็กซิโก อย่างไรก็ตามเคยพบเสือจากัวร์ที่ระดับสูงสุดถึง 3,800 เมตรในคอสตาริกา ส่วนในเทือกเขาแอนดีสเคยพบจากัวร์ที่ระดับสูงถึง 2,700 เมตร

จาร์กัวร์พบได้เกือบทั่วอเมริกาใต้และอเมริกากลาง รวมไปถึงตอนใต้ของสหรัฐอเมริกาด้วย มีฐานที่มั่นสำคัญอยู่ในป่าฝนลุ่มน้ำอเมซอน อย่างไรก็ตามในพื้นที่อื่นส่วนใหญ่ประชากรเสือจากัวร์ได้ลดลงจนบางแห่งถึงกับหายสาบสูญ โดยเฉพาะทางตอนเหนือของเขตกระจายพันธุ์ในประเทศสหรัฐอเมริกากับเม็กซิโก และทางทุ่งหญ้าปัมปัสในอาร์เจนตินาตลอดจนถึงอุรุกวัย ประเทศที่ยังมีเสือจากัวร์อยู่คือ อาร์เจนตินา เบลีซ โบลิเวีย บราซิล โคลอมเบีย คอสตาริกา เอกวาดอร์ เฟรนช์เกียนา กัวเตมาลา กายอานา ฮอนดุรัส เม็กซิโก นิคารากัว ปานามา ปารากวัย เปรู ซูรินาเม สหรัฐอเมริกา เวเนซุเอลา ส่วนในประเทศเอลซาลวาดอร์และอุรุกวัยไม่พบอีกต่อไปแล้ว

นอกจากลุ่มน้ำอเมซอนแล้ว ยังมีพื้นที่เป็นที่มั่นสำคัญของประชากรจากัวร์ก็คือ ป่าต่ำเขตร้อนในอเมริกากลาง เช่น เซลวามายาในกัวเตมาลา เม็กซิโก และเบลีส กับพื้นที่แคบ ๆ ในโชโก-ดาเรียนในปานามาและโคลอมเบีย จนถึงฮอนดุรัสตอนเหนือ ความหนาแน่นของจากัวร์ในป่าฝนแถบเซลวามายาในเบลีสสูงมากถึง 7.5-8.8 ตัวต่อ 100 ตารางกิโลเมตร

ความหนาแน่นของจากัวร์ตัวเต็มวัยในปันตานัลในบราซิลอยู่ที่ประมาณ 6.6-6.7 ตัวต่อ 100 ตารางกิโลเมตร ส่วนในกรานชาโกของโบลิเวียอยู่ที่ประมาณ 2.2-5 ตัวต่อ 100 ตารางกิโลเมตร ในแอ่งอเมซอนของโคลอมเบียอยู่ที่ประมาณ 2.2-4.5 ตัวต่อ 100 ตารางกิโลเมตร ในอุทยานแห่งชาติมาดิดีของโบลิเวียซึ่งอยู่ในลุ่มแม่น้ำอเมซอน ความหนาแน่นอยู่ที่ประมาณ 2.8 ตัวต่อ 100 ตารางกิโลเมตร