เสือจากัวร์ไม่มีศัตรูในธรรมชาติ ไม่มีสัตว์ผู้ล่าใดที่แข็งแรงพอจะต่อกรกับจากัวร์จอมพลังได้ ศัตรูของจากัวร์มีเพียงอย่างเดียวคือ มนุษย์

ในช่วงทศวรรษที่ 1960-1970 จำนวนของจากัวร์ลดลงต่ำมาก มีจากัวร์ถูกฆ่ามากถึงปีละ 18,000 ตัว ส่วนใหญ่ถูกฆ่าเพื่อเอาหนัง ต่อมามีการรณรงค์ต่อต้านเสื้อขนสัตว์มาก ทำให้แฟชั่นเสื้อขนสัตว์เริ่มซบเซา การล่าเพื่อเอาหนังจึงไม่ใช่ภัยหลักอีกต่อไป ปัจจุบันภัยคุกคามหลักคือการตัดไม้ทำลายป่าและการที่ป่าที่อยู่ถูกซอยออกเป็นผืนน้อยแยกจากกัน ส่วนการล่าก็ยังคงมีอยู่โดยมักมีสาเหตุจากการที่มันเป็นอันตรายต่อสัตว์เลี้ยงในฟาร์มเปิดของชาวบ้าน โดยเฉพาะในอเมริกากลางซึ่งมีการตัดไม้ทำลายป่ามาก เสือจากัวร์จึงมีโอกาสเผชิญหน้ากับมนุษย์บ่อยครั้งและมักถูกกำจัดทิ้งทันทีที่ถูกพบเห็น