ปัจจุบัน เสือจากัวร์เป็นสัตว์ที่ใกล้สูญพันธุ์เนื่องจากถูกล่าและป่าที่เป็นแหล่งอาศัยก็ถูกรุกรานและเพื่อการเกษตรและเลี้ยงปศุสัตว์ รวมถึงมีการล่าเพื่อส่งขายในตลาดค้าสัตว์ป่าด้วย โดยที่โบลิเวียเป็นหนึ่งในประเทศที่มีการล่าสูงสุด เนื่องจากกฎหมายนั้นใช้บังคับได้ไม่เต็มที่ คาดว่ามีจำนวนเสือจากัวร์ในโบลิเวียประมาณ 15,000 ตัว

นอกจากนี้แล้วยังมีการล่าเพื่อกระดูกหรือเขี้ยวอีกด้วย โดยเป็นความต้องการจากประเทศจีนตามความเชื่อในเรื่องความศักดิ์สิทธิ์ของอวัยวะส่วนต่าง ๆ ของเสือ โดยเป็นความต้องการแทนที่เสือโคร่งในทวีปเอเชีย เขี้ยวของเสือจากัวร์ชิ้นหนึ่งอาจมีราคาถึง 100–200 ดอลลาร์สหรัฐ[3]