ในช่วงแรก ทั้งอากีนัลโดและโบนีฟัสซิโอร่วมมือกันในการจัดตั้งสาธารณรัฐฟิลิปปินส์ จัดตั้งสภาปฏิวัติใหญ่ทีตำบลเตเฮโรสที่เป็นที่มั่นของรัฐบาลกาตีปูนัน อากีนัลโดได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดี ในการประขุมกลุ่มผู้นำนักปฏิวัติพื้นเมืองในตำบลเตเฮโรสเมื่อ 22 มีนาคม พ.ศ. 2439 แต่กลับเป็นชนวนให้เขากับโบนีฟัสซิโอต้องต่อสู้กันเอง หลังจากที่โบนีฟัสซิโอถูกประหารชีวิตเมื่อ 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2440 อากีนัลโดเป็นผู้นำการปฏิวัติเพียงผู้เดียว เขาย้ายไปตั้งมั่นที่จังหวัดบาตังกัลและเทือกเขาบีอักนาบาโตตามลำดับ และประกาศจัดต้งสาธารณรัฐบีอักนาบาโตใน พ.ศ. 2440 นี้

รัฐบาลอาณานิคมที่มะนิลาไม่ยอมรับรัฐบาลที่ตั้งขึ้นใหม่ และเข้าปราบปรามด้วยกำลังอาวุธในเดือนสิงหาคม ชาวพื้นเมืองในที่ต่างๆ เข้าร่วมกับกลุ่มของอากีนัลโดเป็นจำนวนมาก ต่อมา อาซาเบโล อาร์ตาโช และเฟลิกซ์ เฟร์เรร์ ได้ร่างรัฐธรรมนูญของสาธารณรัฐบีอักนาบาโตโดยเลียนแบบรัฐธรรมนูญของคิวบา ฉบับ พ.ศ. 2438 อากีนัลโดนั้น ประกาศจัดตั้งสาธารณรัฐบีอักนาบาโตอย่างเป็นทางการในวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2440 โดยใช้ภาษาตากาล็อกเป็นภาษาราชการ

ในขณะนั้น สเปนเผชิญปัญหาการแข็งข้อของอาณานิคมทั้งในฟิลิปปินส์และคิวบา สเปนจึงตัดสินใจเจรจากับกลุ่มของอากีนัลโด ผลของการเจรจาทำให้มีการลงนามในสนธิสัญญาบีอักนาบาโตที่จะให้สิทธิแก่ชาวฟิลิปปินส์ สเปนจะจ่ายเงินชดเชยให้อากีนัลโดและขอให้กลุ่มของเขาออกไปจากฟิลิปปินส์ อากีนัลโดตกลงและออกเดินทางไปฮ่องกงเมื่อ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2440 สาธารณรัฐบีอักนาบาโตจึงสิ้นสุดลง แต่รัฐบาลสเปนจ่ายเงินชดเชยไม่ครบ และพยายามจับกุมชาวพื้นเมืองในข้อหากบฏ ชาวพื้นเมืองจึงก่อกบฏต่อต้านสเปนอีก ส่วนกลุ่มของอากีนัลโดไปขอความช่วยเหลือจากสหรัฐอเมริกา