อากีนัลโดเป็นชาวฟิลิปปินส์เชื้อสายจีน เกิดเมื่อ พ.ศ. 2412 ที่จังหวัดกาวีเต ในครอบครัวเกษตรกร ได้เข้าเรียนที่วิทยาลัยเดซานฮวนเดเลตรันที่กรุงมะนิลาแต่เรียนไม่จบเพราะบิดาเสียชีวิต จึงกลับมาประกอบอาชีพเกษตรกร ต่อมาเขาถูกตั้งข้อสงสัยว่าเกี่ยวข้องกับการฆาตกรรมทหารสเปน จึงต้องหลบหนีออกจากบ้านและเข้าร่วมกับขบวนการกาตีปูนันในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2437

อากีนัลโดประสบความสำเร็จในการนำกองกำลังชาวพื้นเมืองเข้าปล้นคลังอาวุธของสเปนในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2439 ทำให้กาวีเตกลายเป็นศูนย์กลางของกลุ่มกบฏ อากีนัลโดมีบทบาทสำคัญในการต่อสู้กับสเปนอย่างเข้มแข็ง สนับสนุนให้ชาวพื้นเมืองเรียกตัวเองว่าฟิลิปิโน แทนชื่อที่ชาวสเปนใช้ว่าอินดิโอสที่หมายถึงคนชั้นต่ำ เขาจัดตั้งคณะกรรมการกลางปฏิวัติและจัดตั้งกองกำลังติดอาวุธ การปฏิวัติตามแผนการของอากีนัลโดทำให้เขากลายเป็นคู่แข่งของอันเดรส โบนีฟาซิโอ ผู้ก่อตั้งขบวนการกาตีปูนัน