เมื่อสงครามสหรัฐอเมริกา-สเปนขยายตัวมาถึงมหาสมุทรแปซิฟิก จอร์จ ดิวอีย์ได้ทำลายกองทัพเรือสเปนที่มะนิลาเมื่อ 19 พฤษภาคม พ.ศ. 2441 อากีนัลโดเดินทางกลับสู่เมืองกาวีเตพร้อมเรือรบของสหรัฐ อากีนัลโดประกาศตั้งสาธารณรัฐฟิลิปปินส์โดยมีเมืองหลวงที่มาโลส แต่สหรัฐไม่ยอมรับ อากีนัลโดได้ประกาศจัดตั้งรัฐบาลเผด็จการเมื่อ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2441 มีการชักธงชาติฟิลิปปินส์ขึ้นสู่ยอดเสา กองกำลังฝ่ายชาวพื้นเมืองล้อมกรุงมะนิลาไว้ได้

สเปนได้ทำสัญญาลับกับสหรัฐ โดยยกฟิลิปปินส์ให้สหรัฐตั้งแต่ 10 ธันวาคม พ.ศ. 2441 แลกกับเงิน 20 ล้านดอลลาร์สหรัฐ เมื่อสเปนถอนกองกำลังออกไป สหรัฐเข้ายึดมะนิลา ห้ามกองกำลังชาวพื้นเมืองเข้าสู่มะนิลา อากีนัลโดจึงประกาศยืนยันความเป็นรัฐอิสระของฟิลิปปินส์และสาบานตนเป็นประธานาธิบดีเมื่อ 23 มกราคม พ.ศ. 2441 จากนั้นจึงต่อสู้กับสหรัฐต่อไป การต่อสู้กับสหรัฐใช้เวลานานถึง 2 ปี โดยไม่ยอมแพ้ จนกระทั่งถูกจับตัวได้และถูกบังคับให้สาบานตนยอมแพ้ต่อสหรัฐเมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2444 รวมทั้งให้เขาออกประกาศให้ชาวพื้นเมืองยอมวางอาวุธ ซึ่งหลังจากนั้น ต้องใช้เวลาอีก 1 ปี การสู้รบจึงยุติลง