หลังจากนั้น อากีนัลโดถูกเนรเทศไปยังเกาะกวม ก่อนจะถูกส่งตัวกลับมายังมะนิลาใน พ.ศ. 2446 ต่อมา เขาไปอยู่ที่ฮ่องกงและไม่มีบทบาททางการเมืองใดๆ อีก จน พ.ศ. 2478 เขาได้ออกมาต่อต้านมานูเอล เกซอนที่จะเป็นประธานาธิบดีของฟิลิปปินส์ภายใต้การปกครองระบบเครือรัฐ แต่ไม่สำเร็จและถูกลงโทษอย่างหนัก อากีนัลโดมีชีวิตจนถึง พ.ศ. 2507 ก่อนจะเสียชีวิตด้วยโรคหัวใจเมื่ออายุ 94 ปี