หลังจบจากโรงเรียน วอตสันพักเรียนหนึ่งปี[104] เพื่อถ่ายทำภาพยนตร์แฮร์รี่ พอตเตอร์กับเครื่องรางยมทูตในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552[71] แต่กล่าวว่าเธอตั้งใจเรียนต่อไป[67] และเธอยืนยันในภายหลังว่าเธอเลือกเข้าเรียนที่มหาวิทยาลัยบราวน์ในพรอวิเดนซ์ รัฐโรดไอส์แลนด์[105] ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2554 หลังจากเรียนมหาวิทยาลัยเป็นเวลา 18 เดือน วอตสันปรากฏว่าเธอยืดเวลาเรียนออกไปอีก "หนึ่งหรือสองภาคเรียน"[106] แม้ว่าเธอเข้าเคยเรียนที่วิทยาลัยวูสเตอร์ ออกซฟอร์ด ระหว่างปีการศึกษา 2554-2555 ในฐานะ "นักเรียนเยือน"[107]

วอตสันกล่าวกับเอลเลน ดีเจนเนอเรสก่อนจบการศึกษาว่าเธอต้องเรียนห้าปีแทนสี่ปี เนื่องจากงานแสดงของเธอ เธอ "พักเรียนสองภาคเรียนเต็ม"[108] ในวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 เธอจบการศึกษาระดับปริญญาตรีจากมหาวิทยาลัยบราวน์ด้านวรรณคดีอังกฤษ[8] ในปี พ.ศ. 2556 เธอได้รับการรับรองให้สอนโยคะและการทำสมาธิ เธอเรียนพิเศษการทำสมาธิเป็นเวลาหนึ่งสัปดาห์ที่อาคารแห่งหนึ่งของชาวแคนาดา โดยเป็นสถานที่ที่ผู้อาศัยไม่ได้รับอนุญาตให้พูด เพื่อ "หาวิธีอยู่บ้านกับตนเอง"[109][110] เธอกล่าวกับนิตยสารแอลออสเตรเลียว่า อนาคตที่ไม่แน่นอนหมายถึงการค้นหา "หนทางที่ทำให้รู้สึกปลอดภัยและรู้สึกเหมือนตนอยู่บ้าน เพราะฉันไม่อาจเชื่อใจสถานที่จริง ๆ ได้เลย"[111]