วอตสันพบและเริ่มคบหากับนักเรียนที่ออกซฟอร์ด วิล แอดาโมวิกซ์ ในปี พ.ศ. 2554 ระหว่างเรียนมหาวิทยาลัยปีแรก[112] เขาไปกับเธอในงานประกาศรางวัลเอ็มทีวีมูวีอะวอดส์ 2013 ซึ่งวอตสันได้รับรางวัลเทรลเบลเซอร์[113] ทั้งคู่เลิกรากันในต้นปี พ.ศ. 2557[114] ต่อมาในปีนั้น วอตสันคบหากับนักกีฬารักบี้ของออกซฟอร์ดชื่อ แมทธิว แจนนี[115] ความสัมพันธ์สิ้นสุดลงในเดือนพฤศจิกายน ผู้แถลงข่าวแทนวอตสันกล่าวว่าทั้งคู่เลิกรากันเนื่องจาก "ตารางงานไม่มีเวลาว่าง"[116]

ขณะถ่ายทำภาพยนตร์เรื่องโนอาห์ มหาวิบัติวันล้างโลก วอตสันถูกถามเกี่ยวกับศรัทธา และเธอบรรยายตนว่าเป็นผู้มีจิตใจรอบรู้กว้างขวาง[117]