การประยุกต์ใช้ที่สำคัญก็คือวัคซีนเอ็มอาร์เอ็นเอ และที่อนุมัติใช้เป็นอย่างแรกก็คือวัคซีนโควิด-19 เพื่อป้องกันไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ (SARS-CoV-2)[14][15][16][17][18][19][20]ตัวอย่างวัคซีนโควิด-19 รวมทั้ง[21]โทซินาเมแรนของบริษัทไบโอเอ็นเทค/ไฟเซอร์/Fosun International, CVnCoV ของบริษัท CureVac[22][23]และ mRNA-1273 ของบริษัทโมเดิร์นา[24]โดยวัคซีนของไบโอเอ็นเทคและโมเดิร์นาใช้ม็อดอาร์เอ็นเอ[25]ส่วนของ Curevac ใช้อาร์เอ็นเอที่ไม่ได้แปลง[23]การประยุกต์ใช้ม็อดอาร์เอ็นเออย่างอื่นรวมการเจริญทดแทน (regeneration) เนื้อเยื่อกล้ามเนื้อหัวใจ[26][27]และมะเร็งบำบัด[28][29]