เพื่อชักนำให้เซลล์สร้างโปรตีนนอกเหนือจากปกติ สามารถใส่เอ็มอาร์เอ็นเอแปลกปลอม (heterologous) เข้าไปในไซโทพลาซึมของเซลล์ จึงไม่ต้องถอดรหัสจากดีเอ็นเอเลยเท่ากับเป็นการ "ลอบนำ" เอาแผนการผลิตโปรตีนแปลกปลอมเข้าไปในเซลล์แต่จะทำอย่างนี้ได้ก็ต้องเลี่ยงระบบของเซลล์ที่ป้องกันการเข้าไปและการแปลรหัสของเอ็มอาร์เอ็นเอแปลกปลอม เช่น มีเอนไซม์ที่พบเกือบทั่วไปที่เรียกว่า ribonuclease (หรือ RNAse) ที่ทำหน้าที่สลายอาร์เอ็นเอทั่วไปที่ไม่ได้แปลง[5]อนึ่ง ยังมีอุปสรรคในเซลล์ด้วย เช่น หน่วยรับของระบบภูมิคุ้มกันโดยกำเนิด คือ TLR7 (toll-like receptor 7) และ TLR8 ซึ่งอยู่ที่เยื่อหุ้มเอนโดโซมหน่วยรับเช่นนี้สามารถลดการสังเคราะห์โปรตีนในเซลล์ได้อย่างสำคัญ โดยจุดชนวนให้ปล่อยไซโตไคน์ เช่น อินเตอร์เฟียรอน และ TNF-alpha และถ้าเกิดมากพอ ก็จะโปรแกรมให้เซลล์ตาย[6]

คุณสมบัติก่อการอักเสบ/การตอบสนองทางภูมิคุ้มกันของอาร์เอ็นเอแปลกปลอม สามารถอำพรางโดยแปลงนิวคลีโอไซด์ในเอ็มอาร์เอ็นเอ[7]เช่น uridine สามารถแทนด้วยนิวคลีโอไซด์คล้ายกัน เช่น pseudouridine (Ψ) หรือ N1-methyl-pseudouridine (m1Ψ) และ cytosine ก็สามารถแทนด้วย 5-methylcytosine[8]นิวคลีโอไซด์คล้ายกันบางอย่าง เช่น pseudouridine และ 5-methylcytosine ก็เกิดโดยธรรมชาติในเซลล์ยูแคริโอตด้วย[9]การมีนิวคลีโอไซด์ดัดแปลงเหล่านี้เปลี่ยนโครงสร้างทุติยภูมิ (secondary structure) ของเอ็มอาร์เอ็นเอ ซึ่งลดการรู้จำของระบบภูมิคุ้มกันโดยกำเนิดในขณะที่ก็ยังให้แปลรหัสเป็นโปรตีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ[8]