ในปีพ.ศ. 2093 พระเจ้ากุสตาฟที่ 1 แห่งสวีเดน ทรงก่อตั้งเมืองเฮลซิงกิขึ้นเพื่อเป็นศูนย์กลางการค้า แข่งกับเมืองทาลลินน์ซึ่งตั้งอยู่ทางตอนใต้ของอ่าวฟินแลนด์ จากคำแนะนำของผู้เชี่ยวชาญทางการทหาร เฮลซิงกิจึงตั้งอยู่ที่ปากแม่น้ำวันตา ได้รับการปกป้องจากบรรดาเกาะเล็กๆทั้งหลาย[2] ในช่วงแรกเฮลซิงกิไม่ประสบความสำเร็จมากนัก 90 ปีต่อมา สมเด็จพระราชินีคริสตินา ทรงดำริให้ย้ายเมืองไปทางใต้ 5 กิโลเมตร ซึ่งเป็นที่ตั้งปัจจุบันของเมือง เฮลซิงกิได้รับสถานะเป็นเมืองสำคัญ สามารถทำการค้าขายกับต่างประเทศได้ แต่ในเวลานี้สวีเดนได้ครอบครองทางใต้ของอ่าวฟินแลนด์แล้ว เฮลซิงกิจึงไม่มีความสำคัญมากนัก และยังคงเป็นเมืองเล็กๆอยู่[3]

ในปีพ.ศ. 2291 เริ่มมีการสร้างฐานทัพ Suomenlinna บนหมู่เกาะบริเวณปากอ่าวของเฮลซิงกิ การก่อสร้างนี้ส่งผลต่อเฮลซิงกิจากการที่คนงานนับพันคนเข้ามาทำให้การค้าเจริญเติบโตขึ้น รวมถึงทหารประจำการที่มาพร้อมกับครอบครัวและวัฒนธรรมแบบชาวสวีเดนชั้นสูง[4]

พ.ศ. 2351-52 เกิดสงครามระหว่างรัสเซียและสวีเดน ดินแดนฟินแลนด์ตกเป็นส่วนหนึ่งของสวีเดนในฐานะราชรัฐปกครองตนเองฟินแลนด์ ชาวฟินแลนด์บางส่วนเริ่มสนับสนุนความคิดการตั้งเฮลซิงกิเป็นเมืองหลวงของราชรัฐ ความคิดนี้ได้รับการสนับสนุนจากฝั่งรัสเซียเช่นกัน เนื่องจากเฮลซิงกิอยู่ใกล้กับเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กมากกว่า และมีอิทธิพลของสวีเดนน้อยกว่าตุรกุซึ่งเป็นเมืองหลวงเดิม ซาร์อเล็กซานเดอร์ที่ 1 จึงตั้งเฮลซิงกิเป็นเมืองหลวงของฟินแลนด์แทนที่ตุรกุในปีพ.ศ. 2355[5] จากการที่เฮลซิงกิถูกทำลายด้วยไฟในปี 2351 ทำให้ซาร์วางแผนที่จะสร้างเมืองขึ้นใหม่ ได้มีการแต่งตั้งวิศวกรชาวฟินแลนด์ให้ออกแบบเมืองใหม่ และเชิญสถาปนิกชาวเยอรมันมาร่วมงาน มีการสร้างอาคารใหม่จำนวนมาก รวมถึงการย้ายมหาวิทยาลัยมาจากตุรกุด้วย สถาปัตยกรรมที่สร้างใหม่นี้มีรูปแบบนีโอคลาสสิกตามแบบเมืองเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก เฮลซิงกิได้กลายมาเป็นศูนย์กลางทางการปกครองและวัฒนธรรม

ในช่วงสงครามกลางเมืองฟินแลนด์ พ.ศ. 2461 เฮลซิงกิถูกยึดโดยฝ่ายแดงในเดือนมกราคม วุฒิสภาย้ายไปประจำการที่เมืองวาซา กองทัพฝ่ายขาว ร่วมกับทหารเยอรมันสามารถยึดเฮลซิงกิกลับมาได้ในเดือนเมษายน เฮลซิงกิได้รับความเสียหายไม่มากนัก ในช่วงสงครามฤดูหนาวและสงครามต่อเนื่อง (ช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง) เฮลซิงกิถูกโจมตีทางอากาศจากสหภาพโซเวียต อย่างไรก็ตาม เฮลซิงกิได้รับความเสียหายไม่มากนักเมื่อเปรียบเทียบกับเมืองสำคัญอื่นๆในยุโรป เฮลซิงกิยังเป็นหนึ่งในสามเมืองหลวงของประเทศในทวีปยุโรปที่เข้าร่วมสงครามที่ไม่ถูกยึดครองโดยฝ่ายศัตรู (อีกสองเมืองคือลอนดอนและมอสโก)