หลังจากญี่ปุ่นได้รับมอบหมายการปกครองแปซิฟิกใต้ในอาณัติจากสันนิบาติ ในปี ค.ศ. 1914 รัฐบาลกลางญี่ปุ่นได้มอบหมายให้ผู้บัญชาการของกองกำลังป้องกันชั่วคราวทะเลใต้ (South Seas Islands Temporary Garrison) เป็นผู้นำรัฐบาลเของแปซิฟิกใต้ในอาณัติ โดยผู้บัญชาการจะมีอำนาจในการบังคับบัญชาทหารและพลเรือนในดินแดนแห่งนี้ โดยได้ตั้งศูนย์กลางการบริหารขึ้นที่เกาะซัมเมอร์ (Summer) เกาะแยป (Yap) เกาะยาลูอิต (Jaluit) และเกาะอางาอูร์ (Angaur) (Purcell, 1967: 147)  ในปี ค.ศ. 1915 ได้มีการนำที่ปรึกษาและข้าราชการฝ่ายพลเรือนเข้ามาทำงานในแปซิฟิกใต้ในอาณัติมากขึ้น จนกระทั่งในที่สุดในปี ค.ศ. 1918 กองกำลังทหารได้ถ่ายโอนอำนาจทั้งหมดให้ข้าราชการฝ่ายพลเรือนในการปกครองแปซิฟิกใต้ในอาณัติ และย้ายศูนย์กลางการบริหารจากเกาะซัมเมอร์มาสู่คอร์รอในเกาะปาเลาในปี ค.ศ. 1922 [9]

ในระยะแรกของการปกครองแปซิฟิกใต้ในอาณัติตั้งแต่ปี ค.ศ. 1914 – 1922 ญี่ปุ่นปกครองดินแดนแห่งนี้โดยใช้ระบอบที่จักรวรรดิอาณานิคมเยอรมนีได้วางรากฐานไว้ โดยไม่มีการเปลี่ยนแปลงระบบมากนัก [9] การเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยเริ่มเกิดการเปลี่ยนแปลงตั้งแต่ปี ค.ศ. 1922 เป็นต้นมา แต่ในช่วงปีที่มีความเปลี่ยนแปลงมากที่สุดต่อการการเมืองการปกครองของแปซิฟิกใต้ในอาณัติคือในปี ค.ศ. 1929 เมื่อย้ายหน้าที่ความรับผิดชอบทางด้านการเมืองการปกครองจากการดูแลโดยตรงโดยนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่นสู่กระทรวงกิจการโพ้นทะเล (Ministry of Oversea Affairs) ส่วนกิจการด้านอื่นได้ย้ายเข้าสู่กระทรวงที่รับผิดชอบในเรื่องนั้น ๆ เช่น กระทรวงพาณิชย์และอุตสาหกรรม เป็นต้น [9] นอกจากนี้ยังมีการเปลี่ยนแปลงการบริหารส่วนท้องถิ่น โดยเปลี่ยนแปลงจากการแบ่งเขตแบบเดิม ออกเป็นการแบ่งเขตแบบใหม่ โดยแบ่งเขตการปกครองออกเป็น 6 เขต ได้แก่ ไซปัน (Saipan) (หมู่เกาะมาเรียนาส์) แยป (Yap) (หมู่เกาะแคโรไลน์) ปาเลา (Palau) (หมู่เกาะแคโรไลน์) ตรุก (Truk) (หมู่เกาะแคโรไลน์) โปนเปห์ (Ponape) (หมู่เกาะแคโรไลน์) และยาลูอิต (Jaluit) (หมู่เกาะมาร์แชลล์) ซึ่งในแต่ละเขตจะมีข้าหลวงจากส่วนกลางเข้าไปปกครอง ในส่วนท้องถิ่นของแต่ละเขตประกอบไปด้วยหมู่บ้านชาวพื้นเมืองหลายหมู่บ้าน มีหัวหน้าหมู่บ้านและเป็นหัวหน้าชนเผ่าในยุคดั้งเดิมซึ่งได้รับการแต่งตั้งจากข้าหลวงใหญ่ประจำอาณานิคมทะเลใต้เป็นผู้ปกครอง [10]  ในกรณีของหัวหน้าหมู่บ้านเหล่านี้มักมีหน้าที่ในการช่วยเหลือเจ้าหน้าที่ชาวญี่ปุ่นในการจัดทำรายงานต่าง ๆ ภายในดินแดนของตน จัดเก็บภาษีชาวพื้นเมืองผู้มีอายุ 18 ปีขึ้นไป ไม่พิการและแก่ชรา รวมถึงส่งข้อเสนอของชุมชนของตนต่อเจ้าหน้าที่ญี่ปุ่นเพื่อใช้ในการบริหารจัดการท้องถิ่น เป็นต้น อย่างไรก็ตามแม้ในทางกฎหมาย ญี่ปุ่นจะมอบอำนาจและหน้าที่ให้หัวหน้าหมู่บ้านแต่ละแห่งเท่าเทียมกัน แต่ในทางปฏิบัติพบว่าอำนาจหน้าที่ในอดีตเป็นส่วนสำคัญที่ก่อให้เกิดสถานะที่มีความแตกต่างกันของหัวหน้าหมู่บ้านแต่ละคน [9] ซึ่งญี่ปุ่นใช้การปกครองรูปแบบนี้เรื่อยมาจนถึงสมัยสงครามโลกครั้งที่ 2 [11]

เมื่อพิจารณาจากสถานะของแปซิฟิกใต้ในอาณัติ พบว่าสันนิบาติชาติต้องการมอบดินแดนแปซิฟิกใต้ในอาณัติให้กับญี่ปุ่นในสถานะดินแดนในภาวะทรัสตี (ดินแดนในอาณัติ) แม้ว่าสภาวะของแปซิฟิกใต้ในอาณัติในขณะนั้นจะเป็นดินแดนที่ไม่สามารถปกครองตนเองได้และยังมีโครงสร้างทางการเมืองไม่แน่ชัด จึงต้องใช้หลักกฎหมายและการบริหารจัดการเสมือนเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของประเทศแม่ แต่พฤตการณ์ของญี่ปุ่นที่ใช้ในการปกครองพบว่ามักไม่เปิดโอกาสให้ชาวพื้นเมืองเข้ามามีบทบาททางด้านการเมืองการปกครองมากนัก รวมไปถึงการพยายามทำให้ชาวพื้นเมืองเป็นญี่ปุ่น ซึ่งพฤตการณ์ของญี่ปุ่นเป็นไปในลักษณะของการยึดครอง มากกว่าจะปกครองในฐานะดินแดนในอานัติ[12]

กรณีการขอลาออกจากสันนิบาติชาติ ส่งผลให้สถานะของแปซิฟิกใต้ในอาณัติเริ่มไม่แน่ชัด เนื่องจากดินแดนแมนเดตเป็นดินแดนของสันนิบาติชาติที่มอบให้ประเทศสมาชิกดูแล การลาออดจากสมาชิกภาพย่อมเป็นผลให้การดูแลแมนเดตสิ้นสุดลง ในช่วงเวลานี้พบว่าเยอรมนีได้พยายามเรียกร้องดินแดนส่วนนี้คืนจากญี่ปุ่นหรือให้สันนิบาติชาติหาประเทศสมาชิกอื่นเข้ามาดูแลดินแดนแห่งนี้ อย่างไรก็ตามสันนิบาติชาติไม่ได้ดำเนินการเรียกร้องดินแดนส่วนนี้คืนจากญี่ปุ่น อาจกล่าวได้ว่าสันนิบาติชาติไม่อยากดำเนินมาตรการรุนแรงกับญี่ปุ่นและคาดหวังว่าญี่ปุ่นจะขอกลับเข้ามาเป็นสมาชิกของสันนิบาติชาติอีกครั้ง[8]

เมื่อศึกษาระบบการศาลและกระบวนการยุติธรรมในแปซิฟิกใต้ในอาณัติพบว่า รัฐบาลอาณานิคมทะเลใต้ มีการจัดตั้ง หน่วยงานด้านศาลครอบคลุมทุกหมู่เกาะสำคัญของแปซิฟิกใต้ในอาณัติ ข้าหลวงใหญ่ประจำอาณานิคมมีอำนาจในการพิจารณีคดีความ ซึ่งอาจกล่าวได้ว่าอำนาจบริหารมีอำนาจเหนือฝ่ายตุลาการในแปซิฟิกใต้ในอาณัติ การพิจารณาคดีของชาวญี่ปุ่นและชาวพื้นเมืองดำเนินในลักษณะเดียวกัน ซึ่งผู้พิพากษาของศาลมักได้รับการแต่งตั้งโดยข้าหลวงใหญ่ของแปซิฟิกใต้ในอาณัติ [8] ในส่วนของเจ้าหน้าที่รักษาความสงบในแปซิฟิกใต้ในอาณัติ ในระยะแรกเป็นหน่วยงานทหารในพื้นที่ เมื่อหน่วยงานทหารโอนอำนาจให้ฝ่ายพลเรือนแล้ว หน่วยงานที่ทำหน้าที่รักษาความปลอดภัยในพื้นที่คือตำรวจ โดยนายตำรวจระดับสูงมักเป็นชาวญี่ปุ่น และตำรวจระดับปฏิบัติการเป็นชาวพื้นเมืองผสมผสานกับชาวญี่ปุ่น [13]