ไม่มีใครทราบถึงชื่อเดิมของเมือง จากการวิเคราะห์ตราของโมเฮนโจ-ดาโร อิรวธรรม มหาเทวัน (Iravatham Mahadevan) คาดการณ์ว่าชื่อเก่าของเมืองนี้คือ กุกกุตารมะ (Kukkutarma "เมือง [-รมะ] ของไก่ตัวผู้ [กุกกุตะ]").[6] การแข่งไก่ชนอาจเป็นพิธีกรรมทางศาสนาของเมือง ซึ่งเต็มไปด้วยไก่ที่ใช้ในทางศาสนามากกว่าอาหาร โมเฮนโจ-ดาโรอาจเป็นจุดกระจายของการเลี้ยงไก่บ้านทั่วโลก[7]

ชื่อปัจจุบันของโมเฮนโจ-ดาโรมาจากการตีความหลายแบบ เช่น "เนินของคนตาย" ในภาษาสินธี และ "เนินของโมฮัน" (โมฮันคือพระกฤษณะ).[3][8]