โรงเรียนขอนแก่นวิทยายน เป็นโรงเรียนที่ตั้งชื่อคณะสีตามลักษณะทางภูมิศาสตร์ ซึ่งจะมีการจับฉลากเลือกคณะสีในวันปฐมนิเทศของนักเรียนชั้น ม.1 และ ม.4 โดยจะอยู่ในคณะสีนั้นยาวนาน 3 ปี ตลอดการเรียนในแต่ละช่วงชั้น มีทั้งหมด 6 คณะสี

• ██ คณะพายุ (สีเหลือง)
• ██ คณะปะการัง (สีชมพู)
• ██ คณะยอดดอย (สีเขียว)
• ██ คณะสายธาร (สีฟ้า)
• ██ คณะทิวสน (สีม่วง)
• ██ คณะขุนเขา (สีแดง)