สีประจำโรงเรียนขอนแก่นวิทยายน มีที่มาจากการประชุมคณะครูโรงเรียนขอนแก่นวิทยายน เมื่อปีพุทธศักราช 2480 นายคำบ่อ เดชกุญชร ครูใหญ่ ได้เรียกประชุมคณะครูของโรงเรียน และขอความเห็นจากที่ประชุมว่า ในการแข่งขันกีฬาต่างๆของโรงเรียนนั้น ควรจะมีสีธงหรือไม่ ซึ่งที่ประชุมเห็นด้วยว่าควรจะมี ครูใหญ่จึงถามต่อไปว่า ควรจะใช้กี่สีและสีอะไร ที่ประชุมได้ถกเถียงกันและได้ข้อสรุปว่าให้ใช้ 3 สี และตัดสินใจให้ใช้สี "ชมพู" ซึ่งเป็นสีประจำโรงเรียนฝึกหัดครูสวนกุหลาบ "ฟ้า" ซึ่งเป็นสีแทนองค์พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในขณะนั้น และ "เหลือง" ซึ่งเป็นสีประจำโรงเรียนฝึกหัดครูวัดบวรนิเวศ เหตุที่ใช้สีของสองสถาบันนี้ เนื่องมาจาก ครูโรงเรียนขอนแก่นวิทยายนส่วนใหญ่ในขณะนั้น ได้รับการศึกษาจากสองสถาบันนั้น[8]

• สีชมพู หมายถึง ความรัก ความอบอุ่น
• สีฟ้า หมายถึง ความร่าเริงแจ่มใส
• สีเหลือง หมายถึง ความมีอิสระเสรีภาพทางวิชาการ