ปัจจุบัน โลมาแม่น้ำแบ่งออกได้เป็น 5 ชนิด 3 ชนิดอาศัยอยู่ในน้ำจืดแท้ ๆ คือ แม่น้ำสายใหญ่ หรือทะเลสาบน้ำจืด ในทวีปเอเชีย คือ จีนและอินเดียอย่างละ 1 ชนิด, ในทวีปอเมริกาใต้ 2 ชนิด และอีก 1 ชนิด อาศัยอยู่ในน้ำกร่อย เช่น ปากแม่น้ำของทวีปอเมริกาใต้ ซึ่งทุกชนิดจัดเป็นสัตว์ที่ใกล้สูญพันธุ์แล้วทั้งสิ้น

• วงศ์ใหญ่ Platanistoidea [2][3]
  • วงศ์ Platanistidae
    • สกุล Platanista
      • Platanista gangetica (โลมาแม่น้ำอินเดีย, โลมาแม่น้ำเอเชียใต้) มีด้วยกัน 2 ชนิดย่อย
        • P. g. gangetica
        • P. g. minor
  • วงศ์ †Allodelphinidae (ไมโอซีน)
  • วงศ์ †Squalodelphinidae (โอลิโกซีน - ไมโอซีน)
  • วงศ์ †Squalodontidae (โอลิโกซีน - ไมโอซีน)
  • วงศ์ †Waipatiidae (โอลิโกซีน - ไมโอซีน)
• วงศ์ใหญ่ Inioidea
  • วงศ์ Iniidae
    • สกุล Inia
      • Inia geoffrensis (โลมาแม่น้ำอเมซอน, โลมาสีชมพู) มีด้วยกัน 3 ชนิดย่อย
        • I. g. geoffrensis
        • I. g. boliviensis
        • I. g. humbotiana
      • Inia araguaiaensis (โลมาแม่น้ำไอราโกนา-เป็นโลมาแม่น้ำชนิดแรกที่ถูกค้นพบหลังจากปี ค.ศ. 1918)[4][5][6]
    • สกุล †Meherrinia (ไมโอซีนยุคสุดท้าย)
  • วงศ์ Pontoporiidae
    • สกุล Pontoporia
      • Pontoporia blainvillei (โลมาแม่น้ำลาพลาตา)
• วงศ์ใหญ่ †Lipotoidea
  • วงศ์ †Lipotidae
    • สกุล †Lipotes
      • †Lipotes vexillifer (โลมาแม่น้ำแยงซี-เป็นไปได้ว่าสูญพันธุ์ไปแล้วตั้งแต่เดือนธันวาคม ค.ศ. 2006[7][8])