ปฏิสัมพันธ์ที่สำคัญกับยาอื่น ๆ เกิดน้อยมาก[27][28]แต่ปัญหาสำคัญสุดเป็นการลดฤทธิ์ของยาลดความเสี่ยงโรคหัวใจและโรคหลอดเลือดสมอง คือ clopidogrel เมื่อทานพร้อม ๆ กับโอมีปราโซล[29]แม้ผลที่เกิดจะยังเป็นเรื่องไม่ยุติ[30]แต่ก็อาจเพิ่มโรคหลอดเลือดสมองและหัวใจวายสำหรับคนที่ทานยา clopidogrel เพื่อป้องกันเหตุการณ์เช่นนี้

ปฏิสัมพันธ์เยี่ยงนี้เป็นไปได้ก็เพราะยาเป็นสารยับยั้งเอนไซม์ CYP2C19 และ CYP3A4[31]และยา clopidogrel อยู่ในรูปแบบที่ไม่มีฤทธิ์ซึ่งต้องผ่านเมแทบอลิซึมอาศัย CYP2C19 เพื่อเปลี่ยนให้เป็นรูปแบบที่มีฤทธิ์ดังนั้น การยับยั้ง CYP2C19 จึงอาจระงับฤทธิ์ของ clopidogrel ซึ่งก็จะลดผลของมัน[32][33]

อนึ่ง เบ็นโซไดอาเซพีนเกือบทั้งหมดก็ต้องผ่านผ่านเมแทบอลิซึมอาศัยเอนไซม์ CYP3A4 และ CYP2D6 และการยับยั้งเอนไซมเหล่านี้จะมีผลเพิ่ม AUC ของเบ็นโซไดอาเซพีน ซึ่งก็คือเพิ่มผลรวมของยาตามเวลาสำหรับขนาดยาหนึ่ง ๆ ตัวอย่างยาที่อาศัย CYP3A4 เพื่อเมแทบอลิซึมอีกอย่างก็คือยาแก้ซึมเศร้า escitalopram[34],สารกันเลือดเป็นลิ่มคือวาร์ฟาริน,[35]ยาแก้ปวดต่าง ๆ รวมทั้งออกซิโคโดน ทรามาดอล และ oxymorphoneคือ ความเข้นข้นของยาเหล่านี้อาจเพิ่มเมื่อใช้ร่วมกับโอมีปราโซล[36]

ยายังระงับการทำงานของโปรตีน p-glycoprotein เหมือนกับยายับยั้งการหลั่งกรด (PPI) อื่น ๆ[37]

ยาที่อาศัยสภาพกรดในกระเพาะอาหาร (เช่น คีโตโคนาโซลและ atazanavir) อาจดูดซึมได้ไม่ดี และยาปฏิชีวนะที่ไม่เสถียรเนื่องจากสภาพกรด (เช่น อิริโทรมัยซิน ซึ่งเป็นสารยับยั้ง CYP3A4 ที่มีฤทธิ์สูงมาก) อาจดูดซึมได้มากกว่าปกติเนื่องจากสภาวะที่เป็นด่างมากกว่าปกติของกระเพาะเมื่อทานยานี้[36]สมุนไพร Hypericum perforatum (St. John's wort) และ Gingko biloba สามารถลดความเข้มข้นของโอมีปราโซลในพลาสมาอย่างสำคัญผ่านกระบวนการเหนี่ยวนำ (induction) ของ CYP3A4 และ CYP2C19[38]

PPI ต่าง ๆ เช่น โอมีปราโซล พบว่า เพิ่มความเข้มข้นในพลาสมาของสารเคมีบำบัดและสารระงับภูมิคุ้มกันคือ methotrexate[39]