ไข้หวัดใหญ่ยังมีการติดเชื้อในสัตว์หลายชนิด และการถ่ายโอนสายพันธุ์ไวรัสระหว่างสัตว์ชนิดต่าง ๆ นั้นสามารถเกิดขึ้นได้ เชื่อว่านกเป็นสัตว์เก็บเชื้อหลักของไวรัสไข้หวัดใหญ่[247] มีการระบุฮีม็กกลูตินินสิบหกแบบ และนิวรามินิเดสเก้าแบบ พบทุกชนิดย่อย (เอช_เอ็น_) ในนก แต่หลายชนิดย่อยพบประจำในมนุษย์ หมา ม้าและหมู อูฐบางส่วน เฟอร์เร็ต แมว แมวน้ำ มิงก์และวาฬยังแสดงหลักฐานของการติดเชื้อหรือการสัมผัสไข้หวัดใหญ่ก่อนหน้านี้ด้วย[55] ไวรัสไข้หวัดใหญ่ชนิดต่าง ๆ บางทีได้ชื่อตามชนิดของสัตว์ที่พบประจำหรือมีการปรับตัว ชนิดหลักที่ได้ชื่อตามธรรมเนียมนี้ ได้แก่ ไข้หวัดใหญ่นก ไข้หวัดใหญ่มนุษย์ ไข้หวัดใหญ่หมู ไข้หวัดใหญ่ม้าและไข้หวัดใหญ่หมา (ปกติไข้หวัดใหญ่แมวหมายถึงเยื่อจมูกและท่อลมอักเสบจากไวรัสในแมว หรือคาลิซิไวรัสแมว และไม่ใช่การติดเชื้อจากไวรัสไข้หวัดใหญ่) ในหมู ม้าและหมา อาการของไข้หวัดใหญ่คล้ายกับมนุษย์ คือมีไอ ไข้และเบื่ออาหาร[55] ความถี่ของโรคสัตว์ยังมีการศึกษาไม่ดีเท่าการติดเชื้อในมนุษย์ แต่การระบาดของไข้หวัดใหญ่ในแมวน้ำตามท่าเรือทำให้มีแมวน้ำตายประมาณ 500 ตัวนอกชายฝั่งนิวอิงแลนด์ในปี 1979–1980[248] อย่างไรก็ดี การระบาดในหมูพบทั่วไปและไม่ก่อให้เกิดการตายรุนแรง ยังมีการวัคซีนเพื่อป้องกันสัตว์ปีกจากไข้หวัดใหญ่สัตว์ปีก วัคซีนเหล่านี้มีประสิทธิภาพต่อไวรัสหลายสายพันธุ์ และใช้เป็นส่วนหนึ่งของยุทธศาสตร์ป้องกัน หรือรวมกับการฆ่าสัตว์ (culling) เพื่อพยายามกำจัดการระบาด[249]

ไข้หวัดใหญ่นก

อาการไข้หวัดใหญ่ในนกมีหลากหลายและอาจไม่จำเพาะ[250] อาการตามหลังการติดเชื้อด้วยไข้หวัดใหญ่สัตว์ปีกที่มีความสามารถก่อโรคต่ำอาจไม่รุนแรงอย่างขนฟู ผลิตไข่ลดลงเล็กน้อย หรือน้ำหนักลดร่วมกับโรคทางเดินหายใจเล็กน้อย[251] เนื่องจากอาการเบา ๆ เหล่านี้อาจทำให้การวินิจฉัยในสนามทำได้ยาก การติดตามการระบาดของไข้หวัดใหญ่สัตว์ปีกจึงต้องอาศัยการทดสอบทางห้องปฏิบัติการซึ่งตัวอย่างจากนกที่ติดเชื้อ บางสายพันธุ์อย่างเอช9เอ็น2 ในเอเชียมีศักยภาพก่อโรคสูงต่อสัตว์ปีก และอาจก่อให้เกิดอาการรุนแรงและการตายสูง[252] ในรูปที่ก่อโรคสูงสุด ไข้หวัดใหญ่ในไก่และไก่งวงทำให้มีอาการรุนแรงที่ปรากฏเฉียบพลันและอัตราตายเกือบ 100% ภายในสองวัน[253] เมื่อไวรัสแพร่อย่างรวดเร็วในภาวะแออัดที่พบในการทำฟาร์มไก่และไก่งวงแบบเข้มข้น การระบาดเหล่านี้ทำให้เกิดการสูญเสียทางเศรษฐกิจอย่างมากต่อเกษตรกรสัตว์ปีก

สายพันธุ์ก่อโรคสูงและปรับตัวในสัตว์ปีกเอช5เอ็น1 (เรียก HPAI A(H5N1) ย่อมาจาก "ไวรัสไข้หวัดใหญ่สัตว์ปีกก่อโรคสูงชนิดเอ ชนิดย่อยเอช5เอ็น1") ก่อโรคไข้หวัดใหญ่เอช5เอ็น1 หรือเรียกทั่วไปว่า "ไข้หวัดใหญ่สัตว์ปีก" หรือลำลองว่า "ไข้หวัดนก" พบประจำถิ่นในประชากรนกหลายชนิด โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ สายพันธุ์ HPAI A(H5N1) เชื้อสายเอเชียนี้กระจายไปทั่วโลก เป็นโรคระบาดในสัตว์และโรคระบาดทั่วในสัตว์ ทำให้มีนกตายหลายสิบล้านตัว และทำให้เกิดการฆ่านกอื่นหลายร้อยล้านตัวเพื่อพยายามควบคุมการแพร่กระจายของไวรัส การพาดพิงในสื่อถึง "ไข้หวัดนก" ส่วนมากและการพาดพิงส่วนใหญ่ถึงเอช5เอ็น1 ก็เกี่ยวกับสายพันธุ์นี้โดยเฉพาะ[254][255]

ปัจจุบัน HPAI A(H5N1) เป็นโรคสัตว์ปีกและไม่มีหลักฐานบ่งชี้ว่ามีการแพร่เชื้อจากมนุษย์สู่มนุษย์ของ HPAI A(H5N1) อย่างมีประสิทธิภาพ ในผู้ป่วยเกือบทั้งหมดล้วนมีการสัมผัสทางกายอย่างมากต่อนกที่ป่วย[256] ในอนาคต เอช5เอ็น1 อาจกลายพันธุ์หรือรวมกันใหม่เป็นสายพันธุ์ที่สามารถแพร่เชื้อจากมนุษย์สู่มนุษย์ได้อย่างมีประสิทธิภาพได้ การเปลี่ยนแปลงแน่ชัดที่จำเป็นต่อการเกิดเหตุการณ์ดังนี้ยังไม่เข้าใจดีนัก[257] อย่างไรก็ดี เนื่องจากอัตราตายสูงและศักยภาพก่อโรคของเอช5เอ็น1 การมีการระบาด และตัวถูกเบียนเก็บเชื้อชีวภาพที่มีขนาดใหญ่มากขึ้นเรื่อย ๆ ไวรัสเอช5เอ็น1 จึงเป็นภัยคุกคามโรคระบาดทั่วระหว่างฤดูกาลไข้หวัดใหญ่ปี 2006–07 และมีการระดมเงินหลายพันล้านดอลลาร์สหรัฐและใช้จ่ายเพื่อวิจัยเอช5เอ็น1 และการเตรียมการสำหรับการระบาดทั่วของไข้หวัดใหญ่ที่อาจเกิดขึ้น[233]

ในเดือนมีนาคม 2013 รัฐบาลจีนรายงานการติดเชื้อไข้หวัดใหญ่เอช7เอ็น9 ในมนุษย์ 3 ราย ในจำนวนนี้สองคนเสียชีวิตและคนที่สามป่วยวิกฤต แม้ไม่เชื่อว่าไวรัสสายพันธุ์ดังกล่าวมีการแพร่กระจายอย่างมีประสิทธิภาพระหว่างมนุษย์ด้วยกัน[258][259] เมื่อถึงกลางเดือนเมษายน มีบุคคลอย่างน้อย 82 คนป่วยจากเอช7เอ็น9 ซึ่งมีผู้เสียชีวิต 17 คน ผู้ป่วยเหล่านี้ได้แก่กลุ่มครอบครัวขนาดเล็กสามกลุ่มในเซี่ยงไฮ้และหนึ่งกลุ่มระหว่างเด็กหญิงและชายที่เป็นเพื่อนบ้านกันในกรุงปักกิ่ง ทำให้มีข้อสงสัยความเป็นไปได้ของการแพร่เชื้อจากมนุษย์สู่มนุษย์ องค์การอนามัยโลกชี้ว่ากลุ่มหนึ่งมีผู้ป่วยที่ไม่ได้รับยืนยันทางห้องปฏิบัติการสองคน และชี้ว่าไวรัสบางชนิดสามารถก่อให้เกิดการแพร่เชื้อจากมนุษย์สู่มนุษย์ภายใต้ภาวะการสัมผัสใกล้ชิด แต่ไม่แพร่เชื้อมากพอก่อให้เกิดการระบาดในชุมชนขนาดใหญ่[260][261]

ไข้หวัดใหญ่หมู

ในหมู ไข้หวัดใหญ่หมูก่ออาการไข้ เซื่องซึม จาม ไอ หายใจลำบากและเบื่ออาหาร[262] ในบางกรณีการติดเชื้อสามารถทำให้แท้งได้ แม้อัตราตายตามปกติต่ำ แต่ไวรัสสามารถทำให้น้ำหนักลดและเติบโตไม่ดีได้ ก่อให้เกิดความสูญเสียทางเศรษฐกิจต่อเกษตรกร[262] หมูที่ติดเชื้ออาจมีน้ำหนักตัวลดลงมากถึง 12 ปอนด์ในระยะเวลา 3 ถึง 4 สัปดาห์[262] การแพร่เชื้อโดยตรงของไวรัสไข้หวัดใหญ่จากหมูสู่มนุษย์เป็นไปได้บางครั้ง (เรียกว่าไข้หวัดใหญ่หมูรับจากสัตว์) ทั้งหมดแล้ว ทราบกันว่าเกิดผู้ป่วยมนุษย์ 50 คนนับแต่มีการระบุไวรัสในกลางคริสต์ศตวรรษที่ 20 ซึ่งมีผู้เสียชีวิต 6 คน[263]

ในปี 2009 สายพันธุ์ไวรัสเอช1เอ็น1 ที่มีกำเนิดจากหมูที่เรียกกันโดยทั่วไปว่า "ไข้หวัดใหญ่หมู" นั้นก่อให้เกิดการระบาดทั่วของไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 แต่ไม่มีหลักฐานว่าไวรัสพบเฉพาะในหมู หรือเป็นการแพร่เชื้อจากหมูสู่มนุษย์ แต่ไวรัสนั้นแพร่จากมนุษย์สู่มนุษย์[264][265] สายพันธุนี้เป็นการรวมกันใหม่ของเอช1เอ็น1 ที่ปกติพบแยกกัน ในมนุษย์ นกและหมู[266]