โครงสร้าง

อนุภาค LDL แต่ละอนุภาคที่มีตามธรรมชาติช่วยให้เกิดอิมัลชัน (emulsification)คือล้อม/จัดเก็บกรดไขมันทั้งหมดที่ขนส่ง ทำให้ไขมันเหล่านี้สามารถดำเนินไปรอบร่างกายในน้ำนอกเซลล์อนุภาคแต่ละหน่วยจะมีโมเลกุล apolipoprotein B-100 (Apo B-100) หนึ่งหน่วย ซึ่งมีเรซิดิวกรดอะมิโน 4,536 หน่วยและมีมวล 514 kDa บวกกับโปรตีนย่อย ๆ อีก 80-100 หน่วยLDL แต่ละหน่วยจะมีแกนที่ไม่ชอบน้ำอย่างยิ่งซึ่งประกอบด้วยกรดไขมันไม่อิ่มตัวมีพันธะคู่หลายคู่ (PUFA) ที่เรียกว่า linoleate คือกรดลิโนเลอิก (linoleic acid) ในรูปแบบเกลือ พร้อมกับโมเลกุลคอเลสเตอรอลทั้งในรูปแบบเอสเทอร์และไม่ใช่เอสเทอร์เป็นร้อย ๆ จนถึงพัน ๆ โมเลกุล (ค่าเฉลี่ยที่อ้างอิงมากที่สุดคือ 1,500 โมเลกุล) แกนนี้ยังขนไตรกลีเซอไรด์และไขมันอื่น ๆ เป็นจำนวนต่าง ๆ ล้อมด้วยเปลือกที่เป็นฟอสโฟลิพิดและคอเลสเตอรอลที่ไม่ใช่เอสเทอร์พร้อมกับโปรตีน Apo B-100 หนึ่งหน่วยอนุภาค LDL มีเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 22-27.5 นาโนเมตร (nm) และมีมวลประมาณ 3 ล้านดอลตัน (dalton)[6]เพราะอนุภาค LDL มีโมเลกุลกรดไขมันจำนวนต่าง ๆ ซึ่งเปลี่ยนได้ จึงสามารถแจกแจงอนุภาคตามมวลและขนาด[4]

การระบุโครงสร้าง LDL เป็นเรื่องยากเพราะมีโครงสร้างที่ต่าง ๆ กันงานปี 2011 ได้ระบุโครงสร้างตามธรรมชาติของ LDL ที่อุณหภูมิปกติของร่างกายมนุษย์ ที่ความละเอียดประมาณ 16 อังสตรอมโดยใช้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบเย็นยวดยิ่ง (cryo-electron microscopy)[7]