บรรพบุรุษร่วมกันล่าสุด (MRCA) ของสายพันธุ์ไวรัสโคโรนาทั้งหมดถูกวิเคราะห์ว่าอยู่ในช่วงประมาณ 8000 ปีก่อนคริสต์ศักราช[16] MRCA ของสายอัลฟาไวรัสโคโรนา ถูกวิเคราะห์ว่าอยู่ในช่วงประมาณ 2400 ปีก่อนคริสต์ศักราช, สายเบตาไวรัสโคโรนา ถูกวิเคราะห์ว่าอยู่ในช่วงประมาณ 3300 ปีก่อนคริสต์ศักราช, สายแกมมาไวรัสโคโรนา ถูกวิเคราะห์ว่าอยู่ในช่วงประมาณ 2,800 ปีก่อนคริสต์ศักราช, และสายเดลตาไวรัสโคโรนา ถูกวิเคราะห์ว่าอยู่ในช่วงประมาณ 3000 ปีก่อนคริสต์ศักราช เป็นที่ปรากฏว่าค้างคาวและนกในฐานะสัตว์เลือดอุ่นมีกระดูกสันหลังที่บินได้ เป็นโฮสต์ในอุดมคติของแหล่งยีนของไวรัสโคโรนา (ที่มีค้างคาวเป็นโฮสต์ของอัลฟาไวรัสโคโรนา และเบตาไวรัสโคโรนา และนกเป็นโฮสต์สำหรับ แกมมาไวรัสโคโรนา และเดลตาไวรัสโคโรนา)[17]

ไวรัสโรคระบบทางเดินหายใจในโค (Bovine coronavirus) และไวรัสโรคระบบทางเดินหายใจในสุนัข (Canine respiratory coronavirus) ถูกแยกจากบรรพบุรุษร่วมกันในปี พ.ศ. 2494[18] ไวรัสโรคระบบทางเดินหายใจในโคและ Human coronavirus OC43 แยกจากกันในประมาณช่วงคริสต์ทศวรรษ 1890 ไวรัสโรคระบบทางเดินหายใจในโคแยกออกจากสายพันธุ์ไวรัสโคโรนาในม้า (Equine coronavirus) ในช่วงท้ายของคริสต์ศตวรรษที่ 18[19]

MRCA ของ Human coronavirus OC43 ได้รับการวิเคราะห์ว่าอยู่ในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1950[20]

MERS-CoV แม้จะเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ไวรัสโคโรนาในค้างคาวหลายสายพันธุ์ แต่ก็ดูเหมือนจะแยกสายพันธุ์ออกมาหลายศตวรรษก่อนหน้านี้[21] Human coronavirus NL63 และไวรัสโคโรนาในค้างคาวมีบรรพบุรุษร่วมกันล่าสุดประมาณ 563–822 ปีก่อน[22]

ไวรัสโคโรนาในค้างคาวที่ใกล้ชิดมากที่สุดกับ SARS-CoV แยกจากกันในปี พ.ศ. 2529[23] เส้นทางของวิวัฒนาการของไวรัสโรคซาร์ส และความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดกับค้างคาวได้รับการนำเสนอในรายงานทางวิชาการ[24][25]

ไวรัสโคโรนาในอัลปากาและ Human coronavirus 229E แยกสายพันธุ์จากกันในช่วงก่อนปี พ.ศ. 2503[26]