หลังสงครามขบวนการฮุกบาลาฮับก็เริ่มปัญหาประสบปัญหาเศรษฐกิจจากการกดขี่ที่ดินของนายทุน ความยากลำบากของพวกเขากลายมาเป็นปรปักษ์ต่อรัฐบาลฟิลิปปินส์และสหรัฐอเมริกา [3] สหรัฐอเมริกาได้มองขบวนการฮุกบาลาฮับเป็นพวกคอมมิวนิสต์และสังคมนิยมที่เป็น ภัยต่อรัฐบาลฟิลิปปินส์ กองกำลังตำรวจฟิลิปปินส์และกองทัพสหรัฐในตะวันออกไกล เริ่มออกตามล่าอดีตสมาชิกขบวนการฮุกบาลาฮับ ภายใต้คำสั่งของการลดอาวุธจากสหรัฐอเมริกา

นอกจากนี้ในเดือนกุมภาพันธ์ปี พ.ศ. 2488 หน่วยสืบราชการลับของสหรัฐฯ (USCIC) ได้ตัดสินใจว่าที่จะสิ้นสุดในสิ่งที่พวกเขาเห็นว่าเป็น "การครอบครองของฮุกบาลาฮับ"[4] โดยจับกุมผู้นำฮุกบาลาฮับ 20 ราย

ในเดือนกันยายนปี พ.ศ. 2488 ลูอิส ทารุค และผู้นำฮักคนอื่น ๆ ได้รับอิสรภาพจากคุก ลูอิส ทารุค ประกาศอย่างเป็นทางการถึงจุดสิ้นสุดของขบวนการต่อต้าน เขาได้ส่งรายชื่อสมาชิกขบวนการฮุกบาลาฮับ ให้กับรัฐบาลสหรัฐฯและฟิลิปปินส์หวังว่าประธานาธิบดีเซร์ฮิโอ โอสเมญญา ให้ได้รับการยกย่องในการมีส่วนร่วมต่อต้านกองทัพญี่ปุ่น

ลูอิส ทารุค ได้ต่อว่าดักลาส แมกอาเธอร์ให้หยุดยุติความรุนแรงต่อกลุ่มฮุกบาลาฮับ ถึงแม้ว่าผู้นำระดับสูงกำลังเจรจากันอย่างต่อเนื่องสถานการณ์ระหว่างหน่วยขบวนการฮุกบาลาฮับกับกองกำลังสหรัฐฯและฟิลิปปินส์ แต่การเก็บเกี่ยวระหว่างช่วงปลายปี พ.ศ. 2488 ถึงต้นปีพ.ศ. 2489 ได้มีปัญหาเกี่ยวกับเจ้าของที่ดินที่ออกอัตราดอกเบี้ยเงินกู้สูงรวมถึงค่าเช้าที่ดินที่สูงจนทำให้ชาวนาหลายคนถูกไล่ที่ [3] ทำให้ความรุนแรงระหว่างขบวนการฮุกบาลาฮับและรัฐบาลฟิลิปปินส์สูงขึ้น

ดังนั้นขบวนการฮุกบาลาฮับตัดสินใจเข้าร่วมการเมืองอีกครั้ง [3] ก่อตั้งสมาคม พัมบันสัง ไคซาฮัน นัง มักบูบูกิด (Pambansang Kaisahan ng Magbubukid,PKM) หรือ สมาคมชาวนาแห่งชาติ ขึ้น โดยมีจุดยืนปรับความสัมพันธ์ที่ดีระหว่างชาวนาและเจ้าของที่ดิน ปล่อยเงินกู้ดอกเบี้ยต่ำจากเจ้าของที่ดินการจัดตั้งธนาคารโดยรัฐบาลการออกกฎหมายเพื่อปกป้องชาวนาจากเจ้าของที่ดินและปกป้องที่ดินขนาดเล็กจากเจ้าของที่ดินขนาดใหญ่และ สร้าง"ความยุติธรรมสำหรับทุกคนโดยไม่คำนึงถึงสังคม" แต่ก็ยังมีการปราบปรามสมาชิกหรือผู้สนับสนุนอยู่จากรัฐบาลฟิลิปปินส์อยู่

ต่อมาขบวนการฮุกบาลาฮับได้เป็นพันธมิตรอย่างเป็นทางการกับ พันทิโด คอมนิสตา นัง ฟิลิปินาส (Partido Komunista ng Pilipinas,PKP) หรือ พรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศฟิลิปปินส์ (Communist Party of the Philippines,CPP) ในภายหลัง

การเลือกตั้งเมื่อ พ.ศ. 2489 สมาคมชาวนาแห่งชาติถูกปฏิเสธไม่ให้ได้รับที่นั่งในรัฐสภา ในเดือนพฤษภาคม มานูเอล โรฮัส ได้รับเลือกให้เป็นประธานาธิบดีฟิลิปปินส์ ก่อนที่รัฐบาลสหรัฐฯได้มอบอำนาจให้ฟิลิปปินส์เมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2489 เศรษฐกิจของฟิลิปปินส์ในตอนนี้ยังคงพึ่งพาเศรษฐกิจสหรัฐฯมากอยู่[5] พระราชบัญญัติการค้าฟิลิปปินส์ของปีพ.ศ. 2489 หรือพระราชบัญญัติการค้าระฆังในเวลานั้นถูกถกเถียงกันในสภานิติบัญญัติ[3]

เมื่อวันที่ 24 สิงหาคม 2489 จูอัน เฟเลโอ ผู้นำชาวนาจากจังหวัดนูวา อีซิจา ถูกลักพาตัวไปพร้อมกับพวกทั้งสี่ของพวกเขาขณะกำลังเดินทางไปยังกรุงมะนิลา พบร่างของพวกเขาที่ลอยอยู่ในแม่น้ำปัมปางา ไม่กี่วันหลังจากนั้น นี่คือจุดเริ่มต้นของการก่อการกำเริบฮุกบาลาฮับ[6] เฟเลโอ เคยรับผิดชอบในการเจรจากับรัฐบาลในนามของขบวนการฮุกบาลาฮับ นักวิชาการอธิบายว่าความหวาดระแวงที่เกิดจากการเสียชีวิตของเฟเลโอ เป็นชนวนที่ทำให้ทหารของขบวนการฮุกบาลาฮับก่อการกำเริบก่อนหลบขึ้นภูเขาไปตั้งหลัก