ขบวนการฮุกบาลาฮับ ได้การก่อการกำเริบต่อต้านประธานาธิบดี โรฮัส ภายในไม่กี่เดือนหลังจากที่ฟิลิปปินส์เป็นอิสระและอีกหลายวันหลังจากการฆาตกรรมขอเฟเลโอ พวกเขาถอยกลับไปที่ภูเขาอีกครั้งปลี่ยนชื่อตัวเองเป็น ฮุกบง มักปาปาลายา นัง บายัน (Hukbong Magpapalaya ng Bayan,HMB) หรือกองทัพปลดปล่อยประชาชน [4]

ประธานาธิบดี โรฮัส ใช้ "นโยบายกำปั้นเหล็ก" เพื่อหยุดการกำเริบ[4] เป็นการพยายามทำลายขวัญของขบวนการใน 60 วัน ตำรวจฟิลิปปินส์ออกปราบปรามพวกคอมมิวนิสต์รวมถึงกองกำลังชาวนาต่างๆ[3][7]

ขบวนการฮุกบาลาฮับ ได้รับการฝึกฝนในสงครามกองโจรในระหว่างการยึดครองของญี่ปุ่น ขณะรัฐบาลก็ขอความช่วยเหลือทางทหารจากสหรัฐอเมริกา การกำเริบกินเวลานานหลายปีพลเรือนได้รับบาดเจ็บจำนวนมาก [3]

โรฮัส เสียชีวิตด้วยโรคหัวใจวายไม่กี่สัปดาห์หลังจากประกาศ"นโยบายกำปั้นเหล็ก"ของเขา ผู้สืบทอดตำแหน่งประธานาธิบดี เอลปิดิโอ กีริโน ของเขามีท่าทีประนีประนอมต่อกลุ่มขบวนการ แต่ความล้มเหลวของเขาในการปฏิรูปที่ดินขั้นพื้นฐานทำให้ขบวนการฮุกบาลาฮับขัดแย้งกับรัฐบาลยิ่งขึ้น

ในที่สุดเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน 2491 ประธานาธิบดี กีริโน ได้นิรโทษกรรมสมาชิกทั้งหมดของขบวนการฮุกบาลาฮับ[4] ไม่กี่วันต่อมาทั้งวุฒิสภาและสภาคองเกรสได้รับการอนุมัติการนิรโทษกรรม[3] แต่ไม่ว่าการเจรจาจะดำเนินไปอย่างไร การต่อสู้อย่างต่อเนื่องในชนบทส่งผลกระทบต่อขบวนการฮุกบาลาฮับ จำนวนมากไม่ยอมจำนนและเข้าใจว่านิรโทษกรรมต้องเพียงการหลอกลวง [3] หลายคนถูกบังคับให้ยอมจำนน และมักถูกคุกคาม เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2491 ได้การเจรจาตกลงกันยุติปัญหากัน[8]

ในปีพ.ศ. 2492 รัฐบาลได้กล่าวโจมตีว่า ขบวนการฮุกบาลาฮับ มีส่าวนร่วมในการซุ่มโจมตีและสังหาร ออโรรา เกซอน ประธานกาชาดฟิลิปปินส์และภรรยาม่ายของฟิลิปปินส์คนที่สองของประธานาธิบดี มานูเอล เอเล. เกซอน ขณะที่เธอกำลังเดินทางไปบ้านเกิดของเธอเพื่อไปดูแลโรงพยาบาลคิวซอนเมโมเรียล อีกหลายคนถูกสังหารรวมทั้งลูกสาวคนโตและลูกสะใภ้ด้วยของเธอด้วย การโจมตีครั้งนี้ทำให้ทั้วโลกทราบถึงความเลวร้ายของขบวนการฮุกบาลาฮับ ขบวนการฮุกบาลาฮับอ้างว่าการโจมตีดังกล่าวกระทำโดยสมาชิกที่หักหลังขบวนการและต้องการจะโจมตีโดยรัฐบาลฟิลิปปินส์ [9]