อินโดนีเซียมีทางน้ำที่ใช้สัญจรได้ถึง 21,579 กิโลเมตร (ข้อมูลปี ค.ศ. 2005) ซึ่งครึ่งหนึ่งอยู่ในภูมิภาคกาลีมันตัน และอีกครึ่งหนึ่งอยู่บนเกาะสุมาตราและเกาะปาปัว ทางน้ำเป็นทางสัญจรหลักของผู้คนบนเกาะกาลีมันตันและเกาะปาปัวซึ่งมีระบบถนนที่ยังไม่ค่อยดีจะดีนัก ต่างจากเกาะชวาและเกาะสุมาตราซึ่งเป็นเกาะที่มีการพัฒนาสูง[2] ประเทศอินโดนีเซียติดอันดับที่ 7 ในด้านประเทศที่มีทางน้ำยาวที่สุดในโลก[3]

ท่าเรือ

เมืองท่าที่สำคัญได้แก่ เมืองจีลาจัป, จีเรอบน, จาการ์ตา, กูปัง, ปาเล็มบัง, เซอมารัง, ซูราบายา และมากัซซาร์ ท่าเรือส่วนใหญ่ดำเนินงานโดยบริษัทการท่าเรืออินโดนีเซีย ซึ่งจะแบ่งการบริหารเป็น 4 ส่วน โดยเริ่มจากส่วนที่ 1 ทางภาคตะวันตก ไปจนถึงส่วนที่ 4 ทางภาคตะวันออก