การขนส่งทางอากาศในอินโดนีเซียมีอยู่ค่อนข้างมาก เพราะใช้เชื่อมต่อระหว่างเกาะต่าง ๆ พันเกาะของอินโดนีเซีย ช่วงปี ค.ศ. 2009-2013 มีผู้โดยสารใช้บริการขนส่งทางอากาศเพิ่มขึ้นร้อยละ 43 โดยเพิ่มจาก 59,384,362 คน ไปเป็น 85,102,827 คน[13]

ท่าอากาศยาน

ท่าอากาศยานนานาชาติซูการ์โน-ฮัตตาของจาการ์ตา เป็นสนามบินที่มีความสำคัญมากที่สุดในประเทศ แต่อย่างไรก็ตาม สนามบินส่วนใหญ่ของอินโดนีเซียยังอยู่ในสภาพที่ไม่ค่อยจะดีนัก ทำให้เป็นหนึ่งในประเทศที่มีความปลอดภัยด้านอากาศยานที่น้อยที่สุด[14] อนึ่ง ประเทศอินโดนีเซียมีสนามบินทั้งหมด 676 แห่ง (ข้อมูลปี ค.ศ. 2012)

สนามบินที่มีทางวิ่งลาดยาง

• มากกว่า 3,047 เมตร : 4 แห่ง
• 2,438 – 3,047 เมตร : 22 แห่ง
• 1,524 – 2,437 เมตร : 51 แห่ง
• 914 – 1,523 เมตร : 71 แห่ง
• น้อยกว่า 914 เมตร : 37 แห่ง

สนามบินที่มีทางวิ่งไม่ลาดยาง

• 1,524 – 2,437 เมตร : 6 แห่ง
• 914 – 1,523 เมตร : 24 แห่ง
• น้อยกว่า 914 เมตร : 462 แห่ง

ลานจอดเฮลิคอปเตอร์

อินโดนีเซียมีลานจอดเฮลิคอปเตอร์ 76 แห่ง (ข้อมูลปี ค.ศ. 2012)

สายการบิน

สายการบินประจำชาติ :

• การูดาอินโดนีเซีย
• เมอปาตีนูซันตาราแอร์ไลน์ (ล้มละลายแล้ว)

สายการบินอื่น ๆ

• รายชื่อสายการบินในประเทศอินโดนีเซีย