โครงข่ายรถไฟส่วนใหญ่จะอยู่บนเกาะชวา โดยบนเกาะชวา จะมีทางรถไฟสายหลักอยู่ 2 สาย และสายย่อยอีกหลายสาย มีให้บริการทั้งรถไฟโดยสารและรถไฟสินค้า นอกจากนี้ยังมีรถไฟชานเมืองวิ่งให้บริการในเขตกรุงจาการ์ตา เรียกว่า เคอาร์แอล จาโบตาเบะก์ และอีกเมืองคือซูราบายา

ในปี ค.ศ. 2008 รัฐบาลมีโครงการก่อสร้างรถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานนานาชาติซูการ์โน-ฮัตตา แต่ยังไม่มีความคืบหน้าของโครงการจนถึงปัจจุบัน นอกจากนี้ เคยมีโครงการรถไฟฟ้ารางเดี่ยวในจาการ์ตา แต่ถูกยกเลิกในปี ค.ศ. 2004 และได้รับการฟื้นฟูอีกครั้งในเดือนตุลาคม ค.ศ. 2013 มีกำหนดเปิดให้บริการในช่วงปี ค.ศ. 2016-2017 ส่วนการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนจาการ์ตา (MRT) กำลังก่อสร้าง และจะเปิดให้บริการในปี ค.ศ. 2018.

ส่วนบนเกาะสุมาตราแบ่งโครงข่ายรถไฟเป็น 3 ส่วน ได้แก่

• สุมาตราเหนือ : รอบเมืองเมดัน
• สุมาตราตะวันตก : จากเมืองปาเรียมัน ไปยังปาดัง
• สุมาตราใต้และลัมปุง : จากเมืองลูบุก์ลิงเกาไปยังบันดาร์ลัมปุง

สายรถไฟล่าสุดของเกาะสุมาตรา คือ รถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานนานาชาติกัวลานามู เขตเมืองเมดัน เริ่มให้บริการในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2013 ใช้เวลาในการเดินทาง 45 นาที

ส่วนบนเกาะกาลีมันตัน มีทางรถไฟขนถ่านหิน ระยะทาง 122 กิโลเมตร[12]