การทำธุรกรรมในธนาคารอิเล็กทรอนิกส์มีความเสี่ยงอย่างมากต่อไวรัสคอมพิวเตอร์จากนักเลงคอมพิวเตอร์เพื่อนำไปกระทำทุจริต หรือมิจฉาชีพรูปแบบต่าง ๆ โดยนับตั้งแต่ปี พ.ศ. 2550–2553 มีกรณีที่ธนาคารถูกไวรักลักลอบนำข้อมูลทางการเงินไปกระทำทุจริต แต่มีไม่ถึง 10 ราย นอกจากนี้ยังมีเคสที่ลูกค้าถูกมิจฉาชีพหลอกให้เข้าไปทำธุรกรรมผ่านเว็บไซต์ปลอมที่ลอกเลียนให้หมือนเว็บไซต์จริงของธนาคาร[7][8] แต่ในปัจจุบันการให้บริการธุรกรรมต้องลงทะเบียนเข้ารับบริการ โดยคววรตั้งรหัสประจำตัวและรหัสผ่านให้ปลอดภัย หรือมีการกรอกข้อมูลส่วนตัวและมีการยืนยันความเป็นเจ้าของบัญชีก่อนการเปลี่ยนแปลงข้อมูลส่วนตัว เป็นต้น นอกจากนี้ทางธนาคารบางธนาคารยังมีระบบรักษาความปลอดภัยต้องได้รับการตรวจสอบทั้งจากภายในธนาคาร องค์กรภายนอก และธนาคารแห่งประเทศไทย เพื่อให้ระบบดังกล่าวได้มาตรฐานความปลอดภัย ทั้งภายในชาติและระดับนานาชาติ[9]