เมื่อกำจัดชั้นไขเทียน, น้ำยาเคลือบ และกาวสัตว์ออกแล้วผิวจิตรกรรมก็ประสบอันตรายใหม่ที่ผู้ปฏิสังขรณ์ก่อนหน้านั้นไม่ต้องคำนึงถึง

อันตรายต่อจิตรกรรมฝาผนังที่สำคัญที่สุดคืออันตรายจากไอเสีย (exhaust fumes) จากการเผาเชื้อเพลิงฟอสซิลและจากนักท่องเที่ยวที่เข้ามาชมทุกวันที่นำความร้อน, ความชื้น, ฝุ่นและแบคทีเรีย ผิวภาพที่ทำความสะอาดแล้วเป็นอันตรายจากสิ่งต่าง ๆ เหล่านี้ยิ่งไปกว่าความสกปรกที่เคลือบภาพอยู่ก่อนหน้านั้น[12]

ก่อนหน้าที่จะมีการซ่อมแซมครั้งนี้ระบบการระบายอากาศของโบสถ์น้อยซิสทีนก็มีเพียงจากหน้าต่างตอนบนของผนัง แต่ปัจจุบันหน้าต่างเหล่านี้ก็ถูกปิดหมดเพื่อเป็นการป้องกันไม่ให้สารจากอากาศเสียเข้ามาในห้อง และติดตั้งระบบปรับอากาศขึ้นแทนที่ ระบบปรับอากาศนี้ติดตั้งโดยผู้ติดตั้งของบริษัทยูไนเต็ทเทคโนโลยีส์ ที่เป็นระบบที่ออกแบบร่วมกับสำนักงานบริการทางเทคนิคของวาติกัน ระบบที่ใช้เป็นระบบที่สำหรับแก้ปัญหาที่เกิดขึ้นกับโบสถ์น้อยโดยเฉพาะสำหรับความเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิอย่างรวดเร็วและความชื้นที่เกิดขึ้นทันที่เปิดให้นักท่องเที่ยวกลุ่มแรกเข้ามาในห้องทุกเช้าและเมื่อกลุ่มสุดท้ายออกจากห้องในตอนบ่าย ระบบปรับอากาศมิได้ปรับแต่เพียงอุณหภูมิแต่ยังปรับระดับความชื้นให้คงตัวระหว่างฤดูร้อนแลฤดูหนาวเพื่อให้ความเปลี่ยนแปลงของสิ่งแวดล้อมภายในห้องเป็นไปอย่างค่อยเป็นค่อยไป อากาศบริเวณใกล้กับเพดานรักษาไว้ในระดับอุ่นแต่ส่วนล่างของห้องจะเย็นกว่าและหมุนเวียนมากกว่าที่ทำให้ผงหล่นลงไปบนพื้นแทนที่จะลอยขึ้นไป ส่วนแบคทีเรียและสารจากอากาศเสียก็ได้รับการกรองออกไป

ข้อกำหนดของสิ่งแวดล้อม:[12]

• ระบบการกรองอากาศ: กรองผงจนไปถึงขนาด 0.1 ไมโครเมตร
• อุณหภูมิ: 20° เซลเซียสระหว่างฤดูร้อนและค่อย ๆ เปลี่ยนไปเป็น 25° เซลเซียสระหว่างฤดูหนาว
• ความชื้นสัมพัทธ์ ที่เพดาน: 55% ±5%.
• เซ็นเซอร์ (Sensor): 92, ครึ่งหนึ่งของจำนวนนี้ใช้เป็นสำรอง
• สายไฟ: 26 กิโลเมตร (85,000 ฟุต)