ผู้ต้องหาต้องถูกตั้งข้อกล่าวหาทั้งสี่ข้อหา, ได้แก่:

1. สมรู้ร่วมคิดในการก่ออาชญากรรมสงครามและอาชญากรรมต่อมนุษยชาติตามที่ได้อธิบายไว้ในข้อ 2 และ 3;
2. อาชญากรรมสงคราม: ดำเนินการทดลองทางการแพทย์, โดยปราศจากความยินยอมจากผู้รับการทดลอง, ซึ่งมาจากเชลยศึกและพลเรือนจากประเทศที่ถูกยึดครอง, ในช่วงเวลาที่จำเลยได้ทำการทดลองอยู่นั้น ได้ก่อให้เกิดการฆาตกรรม ความโหดร้าย ทารุณ ทรมาน ป่าเถื่อน และอื่นๆอย่างไร้มนุษยธรรม. ยังได้วางแผนและดำเนินการสังหารหมู่ต่อเชลยศึกและพลเรือนจากประเทศที่ถูกยึดครอง, ซึ่งถูกตีตราว่าด้วยความแก่ชรา วิกลจริต ป่วยเป็นโรคที่รักษาไม่หาย พิการ และอื่นๆ โดยมีการใช้แก๊ส, ฉีดยาให้ตาย, และวิธีการที่หลากหลายในบ้านพักคนชรา โรงพยาบาล และโรงพยาบาลจิตเวชในช่วงโครงการการการุณยฆาต และได้เข้ามีส่วนร่วมในการสังหารหมู่นักโทษในค่ายกักกัน
3. อาชญากรรมต่อมนุษยชาติ: ได้ก่ออาชญากรรมที่ได้อธิบายไว้ภายใต้การนับข้อที่ 2 ซึ่งมีผลบังคับใช้แก่ประชาชนชาวเยอรมัน
4. เป็นสมาชิกขององค์กรอาชญากรรม, หน่วยเอ็สเอ็ส[1]

ศาลส่วนใหญ่ได้ลดจำนวน 1 ข้อหา ซึ่งได้ระบุว่า ข้อกล่าวหาอยู่นอกเหนืออำนาจศาล

I — ถูกฟ้องคดีแต่ไม่ถูกพิพากษาลงโทษ   G — ถูกฟ้องคดีและถูกตัดสินว่ามีความผิด