จงหนานไห่ตั้งอยู่ทางตะวันตกของวังต้องห้าม (紫禁城; "นครสีม่วงต้องห้าม") ชื่อ "จงหนานไห่" อันแปลว่า "ทะเลใต้(และทะเล)กลาง" นั้นหมายถึง ทะเลสองแห่งซึ่งอยู่ในบริเวณนั้น คือ ทะเลใต้ (南海) กับทะเลกลาง (中海) อันเป็นส่วนหนึ่งของโครงการก่อสร้างในวังต้องห้าม ทะเลอีกแห่งในโครงการเดียวกัน คือ ทะเลเหนือ (北海) ซึ่งปัจจุบัน คือ สวนสาธารณะเป่ย์ไห่ (北海公园; "สวนสาธารณะทะเลเหนือ") ทะเลทั้งสามแห่งนี้รวมกันเรียกว่า "ไท่เย่ฉือ" (太液池; "สระมหานที")

ทะเลเหนือนั้นสร้างขึ้นก่อนเพื่อน ผู้สร้าง คือ จินจางจง (金章宗; ค.ศ. 1168–1208) จักรพรรดิแห่งราชวงศ์จิน (金朝; ค.ศ. 1115–1234) ทะเลอีกสองแห่งจึงสร้างตามมา ต่อมาราชวงศ์ยฺเหวียน (元朝; ค.ศ. 1271–1368) ผนวกทะเลทั้งสามแห่งเข้ากับเขตพระนคร (皇城) ซึ่งเป็นศูนย์กลางการปกครอง และขยายพื้นที่ออกไปอีกมาก

ครั้นราชวงศ์หมิง (明朝; ค.ศ. 1368–1644) ย้ายเมืองหลวงมายังเขตพระนครนี้ (ปัจจุบัน คือ เป่ย์จิง) และทำการก่อสร้างในเขตราชวังเดิม โดยเริ่มจากส่วนใต้ใน ค.ศ. 1406 จึงมีการขุดทะเลใต้ขึ้นใหม่ในพื้นที่ทางใต้ของทะเลเดิม และขุดเชื่อมทะเลทั้งสามแห่งด้วยกัน เพื่อสร้างราชอุทยานชื่อ "ซีเยฺวี่ยน" (西苑; "สวนตะวันตก")[1]

เมื่อราชวงศ์ชิง (清朝; ค.ศ. 1636–1912) ยึดเป่ย์จิงและสถาปนาการปกครองสำเร็จ ก็ลดขนาดซีเยฺวี่ยนลงเป็นสวนมีกำแพงล้อมภายในพื้นที่ทะเลทั้งสามนั้น พื้นที่ทะเลใต้กับทะเลกลางรวมกันเป็นจงหนานไห่ จักรพรรดิหลายพระองค์สร้างศาลาและตำหนักริมฝั่งเพื่อเป็นที่ว่าราชกิจในฤดูร้อน ในสมัยที่ฉือสี่ไท่โฮ่ว (慈禧太后; ค.ศ. 1861–1908) สำเร็จราชการแทนจักรพรรดิ พระนางและจักรพรรดิยังมักประทับที่จงหนานไห่ และจะเข้าพื้นที่วังต้องห้ามเฉพาะเมื่อมีราชพิธี

ช่วงกบฏนักมวย (拳亂) เมื่อ ค.ศ. 1900 กองทัพรัสเซียยึดจงหนานไห่ได้ และปล้นของมีค่ากลับไปมาก ทั้งแม่ทัพนายกองของพันธมิตรแปดชาติ (八國聯軍) ยังใช้จงหนานไห่เป็นที่พำนักส่วนตัว ครั้นผู่อี๋ (溥儀; ค.ศ. 1906–1967) ขึ้นครองราชย์เมื่อ ค.ศ. 1908 พระบิดา คือ องค์ชายไจ้เฟิง (載灃; ค.ศ. 1883–1951) สำเร็จราชการแทน และประทับ ณ จงหนานไห่ในช่วงสั้น ๆ[2]

เมื่อระบอบกษัตริย์ล่มสลาย และจัดตั้งสาธารณรัฐจีน (中華民國; ค.ศ. 1912–1949) ขึ้นแทน รัฐบาลเป่ย์หยาง (北洋政府; ค.ศ. 1912–1928) ที่มียฺเหวียน ชื่อไข่ (袁世凱; ค.ศ. 1859–1916) เป็นประธานาธิบดี ใช้จงหนานไห่เป็นทำเนียบรัฐบาล เพราะใกล้กับวังต้องห้ามอันเป็นศูนย์อำนาจเดิมของประเทศ แต่ไม่สามารถใช้วังต้องห้ามได้โดยตรง เพราะจักรพรรดิผู่อี๋ยังประทับอยู่[3] รัฐบาลเป่ย์หยางสร้างประตูแห่งหนึ่งขึ้นในจงหนานไห่ เรียก "ซินหฺวาเหมิน" (新华门; "ประตูจีนใหม่") แล้วเอาศาลาหลวงหลังหนึ่งทางฝั่งใต้ของทะเลใต้มาทำเป็นเรือนเฝ้าประตู เพื่อเป็นทางเข้าสู่จงหนานไห่โดยตรงแทนทางเดิมที่ต้องเข้าจากวังต้องห้าม[1]

ต่อมา รัฐบาลสาธารณรัฐจีนย้ายเมืองหลวงไปหนานจิง (南京) จึงเปิดจงหนานไห่เป็นสวนสาธารณะ[4]

ครั้นพรรคสังคมนิยมจีน (中国共产党) สถาปนาสาธารณรัฐประชาชนจีน (中华人民共和国) เมื่อ ค.ศ. 1949 แล้ว ใช้จงหนานไห่เป็นทำเนียบรัฐบาลอีกครั้ง ทั้งยังก่อสร้างโรงเรือนขึ้นหลายแห่งในบริเวณนั้นดังที่เห็นในปัจจุบัน ผู้นำหลายคนของพรรคก็เคยอาศัยอยู่ ณ ที่นี้ เช่น เหมา เจ๋อตง (毛泽东; ค.ศ. 1893–1976), โจว เอินไหล (周恩来; ค.ศ. 1898–1976), และเติ้ง เสี่ยวผิง (邓小平; ค.ศ. 1904–1997)[5]

เมื่อจงหนานไห่กลายเป็นที่ทำการรัฐบาลแล้ว พื้นที่ส่วนใหญ่จึงห้ามสาธารณชนเข้า เคยเปิดให้เข้าครั้งเดียว คือ ช่วงปลายการปฏิวัติวัฒนธรรม แต่ต้องมีตั๋วเข้า ปัจจุบัน จงหนานไห่ห้ามบุคคลทั่วไปเข้าโดยสิ้นเชิง และมีทหารเดินยามทั่วบริเวณ ไม่ห้ามจอดรถชมดูจากบริเวณใกล้เคียงอย่างเข้มงวดนัก เว้นแต่มีการประชุมหรืองานต่าง ๆ ของรัฐบาล[6]