ในปี ค.ศ. 1798 สมัชชาการปฏิวัติแห่งชาติฝรั่งเศส ได้กังวลต่อกระแสความนิยมที่ประชาชนมีต่อนโปเลียนที่เพิ่มสูงขึ้น จึงได้บัญชาการให้เขานำทัพบุกอียิปต์ โดยอ้างว่าฝรั่งเศสต้องการเข้าครองครองดินแดนตะวันออกใกล้ และตะวันออกกลางเพื่อตัดเส้นทางลำเลียงของอังกฤษไปยังอินเดีย เนื่องด้วยนโปเลียนชื่นชมยุคแสงสว่างอยู่แล้ว เขาจึงได้ตัดสินใจนำคณะนักวิทยาศาสตร์หลากหลายสาขาร่วมทัพไปกับเขาด้วย และจัดตั้งสถาบันอียิปต์ศึกษาขึ้น หนึ่งในเจ้าหน้าที่หนุ่มชาญฉลาดที่ร่วมเดินทางไปกับเขา ปีแยร์-ฟร็องซัว บูว์ชาร์ ได้ค้นพบศิลาโรเซตตาที่ทำให้นักอียิปตวิทยา ฌ็อง-ฟร็องซัว ช็องปอลียง สามารถถอดรหัสไฮโรกลิฟได้ในเวลาต่อมา

หลังจากที่มีชัยในการรบที่ มองต์ ตาบอร์ (ฝรั่งเศสต้องการยึดเมืองในอียิปต์คืนจึงรบกับตุรกีที่มีอังกฤษหนุนหลัง) เมื่อวันที่ 16 เมษายน ค.ศ. 1799 การเดินทัพต่อไปยังซีเรียของนโปเลียนต้องชะงักเนื่องจากการระบาดของกาฬโรค อันเป็นเหตุให้มีประชาชนล้มตายเป็นจำนวนมาก นโปเลียนได้เข้าจัดการช่วยเหลือผู้ติดเชื้อกาฬโรคที่เมืองจาฟฟาเท่าที่สามารถทำได้

เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม ค.ศ. 1798 นโปเลียนมีชัยต่อกองกำลังมาเมลุก (ทาสรับใช้กาหลิบของจักรวรรดิออตโตมัน) ในการรบที่พีระมิด ในสงครามเอ็มบาเบห์ ทำให้ชื่อของเขาขจรขจายไปไกล แต่การพ่ายแพ้ของเขากลับไม่เป็นที่กล่าวถึง เมื่อวันที่ 1-2 สิงหาคม ค.ศ. 1798 ทัพเรือของฝรั่งเศสที่นำโดยนโปเลียนถูกกองเรือของโฮราชิโอ เนลสัน (ของอังกฤษ) ทำลายเกือบย่อยยับในการรบที่อ่าวอาบูกีร์

สถานการณ์ระหว่างนโปเลียนกับสมัชชาแห่งชาติดีขึ้น ทำให้เขาสละตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพอียิปต์ให้กับฌอง-บัพติส เกลฺแบร์ และเดินทางกลับฝรั่งเศส ตลอดเส้นทางกลับกรุงปารีส นโปเลียนได้รับเสียงโห่ร้องชื่นชมจากประชาชนในฐานะวีรบุรุษ ส่วนฌอง-บัพติส เกลฺแบร์ ต้องพ่ายการรบเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม ค.ศ. 1801 หลังจากเสียนายทหารไปกว่า 13,500 นาย ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเหยื่อของโรคระบาด