นโปเลียนได้เริ่มการปฏิรูปนับตั้งแต่ระยะเริ่มแรกของการปกครองในระบอบกงสุล ไม่ว่าจะเป็นเรื่องของการศึกษา กระบวนการยุติธรรม การคลัง และระบบราชการ ประมวลกฎหมายแพ่งที่ฌ็อง-ฌัก-เรฌิส เดอ ก็องบาเซแร็สเป็นผู้เรียบเรียงขึ้นนั้น เป็นที่รู้จักในนามของกฎหมายนโปเลียน แห่งปี ค.ศ. 1804 และยังมีผลบังคับใช้ในประเทศต่าง ๆ ทั่วโลกในปัจจุบัน อย่างไรก็ดี กฎหมายแพ่งดังกล่าวนั้นมีรากฐานมาจาก กฎหมายในหมวดต่าง ๆ รวมถึงขนบธรรมเนียมหลากหลายจากระบอบปกครองในสมัยโบราณ ซึ่งนโปเลียนได้รวบรวมขึ้นใหม่

ผลงานทางราชการของนโปเลียนมีต่อเนื่องมาจนกระทั่งถึงปี ค.ศ. 1814 เขาได้จัดตั้งโรงเรียนมัธยม ธนาคารแห่งชาติฝรั่งเศส ระบบเงินฟรังก์แฌร์มินาล ที่ว่าการอำเภอ สภาที่ปรึกษาของรัฐ ริเริ่มการรังวัดพื้นที่ทั่วอาณาจักรฝรั่งเศส และจัดตั้งสมาคมเครื่องราชอิสริยาภรณ์แห่งชาติ (L'ordre national de la Légion d'honneur)

ในปีค.ศ. 1800 นโปเลียนได้นำทัพบุกออสเตรียและยึดครองได้สำเร็จ ทำให้ออสเตรียที่พ่ายต่อทัพของนโปเลียนที่สมรภูมิเมืองมาเร็งโก และต่อทัพของฌ็อง วิคตอร์ มารี โมโรที่เมืองโฮเฮนลินเดอร์ ต้องยอมลงนามในสนธิสัญญาลูเนวิลล์ ในวันที่ 9 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1801 ซึ่งทำให้อังกฤษยอมลงนามในสนธิสัญญาสงบศึกอาเมียงในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1801 ในกาลต่อมา ถ้าหากแม้อำนาจของนโปเลียนถูกสั่นคลอนภายหลังก่อรัฐประหาร ชัยชนะในสมรภูมิที่เมืองมาเร็งโกก็ทำให้สถานการณ์ของนโปเลียนแข็งแกร่งขึ้นเป็นอันมาก

เขาได้ส่งทหาร 70,000 นายไปยังเมืองแซงต์-โดมังก์ (ชื่อของเฮติที่อยู่ภายใต้การปกครองของฝรั่งเศสในสมัยนั้น) ภายใต้การบังคับบัญชาของนาลพล ชาลล์ เลอแคลฺ เพื่อฟื้นฟูอำนาจของฝรั่งเศส หลังจากประสบความสำเร็จมาพอสมควร โดยเฉพาะจากการจับตูแซงต์ ลูแวร์ตูร์ (ผู้ซึ่งเสียชีวิตที่ฟอร์ เดอ จัวย์ ที่อำเภอดูบส์ วันที่ 7 เมษายน ค.ศ. 1803) กองทัพของเขาก็ถูกทำลายโดยการระบาดของไข้เหลือง เมื่อเห็นดังนี้ นโปเลียนจึงยอมขายรัฐลุยเซียนา ให้กับสหรัฐอเมริกา ดินแดนขนาดใหญ่ทางตอนเหนือของทวีปอเมริกาเหนือ

เมื่อวันที่ 24 ธันวาคม ค.ศ. 1800 (วันคริสต์มาสอีฟ) ได้มีการลอบวางระเบิดนโปเลียนที่ถนนซังต์-นิเคส ในกรุงปารีส ขณะที่ขบวนรถม้าของเขากำลังมุ่งหน้าไปโรงโอเปร่า รถม้าของกงสุลเอกได้ควบผ่านพ้นจุดเกิดเหตุไปอย่างรวดเร็ว ระเบิดเกิดปะทุขึ้นช้ากว่าที่คาดทำให้กระจกรถม้าแตกกระจายเท่านั้น แต่สถานที่เกิดเหตุที่กลายเป็นซากปรักหักพังเต็มไปด้วยความโกลาหล มีผู้เสียชีวิตกว่าสิบคน โฌแซ็ฟ ฟูเช ซึ่งดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีมหาดไทยในสมัยนั้น ได้พิสูจน์ว่าอาชญากรรมดังกล่าวเป็นฝีมือกลุ่มฝักใฝ่กษัตริย์ ในขณะที่นโปเลียนเชื่อว่าเป็นฝีมือของพวกฌากอแบ็ง การประหารดยุกแห่งอิงไฮน์เป็นหนึ่งในผลพวงตามมา

ในปี ค.ศ. 1802 นโปเลียนได้รื้อฟื้นระบบทาสในอาณานิคมขึ้นอีกตามคำขอของภริยา อันได้แก่นางโฌเซฟีน เดอ โบอาร์แน (ชาวเบเก จากหมู่เกาะ มาร์ตีนีก) การฟื้นฟูดังกล่าวทำให้ระบบเศรษฐกิจที่ล้มเหลวของอาณานิคมโพ้นทะเลทางตะวันออกของมหาสมุทรอินเดียกระเตื้องขึ้น ต้องรอถึงปี ค.ศ. 1848 กว่าความพยายามในการเลิกทาสอย่างเด็ดขาดจะประสบความสำเร็จ

หลังจากที่นโปเลียนได้ขยายอิทธิพลไปถึงสวิส ที่ได้จัดตั้งสถาบันกระจายอำนาจในปัจจุบัน และไปยังเยอรมนี กรณีพิพาทของมอลตาก็เป็นข้ออ้างให้อังกฤษประกาศสงครามกับฝรั่งเศสอีกครั้งในปี ค.ศ. 1803 รวมทั้งหนุนหลังฝ่ายฝักใฝ่ระบอบกษัตริย์ที่ต่อต้านนโปเลียน นโปเลียนได้ตอบโต้ด้วยแนวคิดในการบุกอังกฤษ และเพื่อข่มขวัญฝ่ายฝักใฝ่กษัตริย์ที่อาจจะกำลังลอบวางแผนโค่นล้มเขาอยู่ กงสุลเอกได้สั่งประหารดยุกแห่งอิงไฮน์ เจ้าชายแห่งราชวงศ์บูร์บง

การประหารเกิดขึ้นที่เมืองแวงแซนน์ชานกรุงปารีส ภายหลังการไต่สวนที่ถูกจัดฉากให้ดูเป็นไปตามกระบวนการ (ซึ่งก็พบว่าเจ้าชายไม่มีความผิด) มีเพียงอังกฤษเท่านั้นที่ทักท้วง ส่วนรัสเซียและออสเตรียนั้น สงวนท่าทีไม่ยอมทัดทาน ทำให้เกิดเสียงเล่าลือเกี่ยวกับนโปเลียนว่าเป็น รอแบ็สปีแยร์บนหลังม้า (ที่เกาะเซนต์เฮเลนา นโปเลียนยอมรับความผิดนี้ แม้ว่าตาแลร็องจะมีส่วนพัวพันด้วยก็ตาม) หลังจากได้ก่อความผิดนี้ต่อสาธารณรัฐ และเพื่อไม่ให้กงสุลเอกขึ้นชื่อว่าก่อคดีสังหารบุคคลในราชวงศ์ซ้ำซ้อน นโปเลียนจึงได้สถาปนาตนเองขึ้นเป็นจักรพรรดิเมื่อวันที่ 2 ธันวาคม ค.ศ. 1804

ถ้าจะว่ากันไปแล้ว จักรวรรดิฝรั่งเศสเกิดขึ้นจากคำขอของวุฒิสภา นักประวัติศาสตร์สตีเฟน อิงลุนด์เชื่อในแนวความคิดที่ว่า การสถาปนาตนขึ้นเป็นจักรพรรดิของนโปเลียนนั้นเป็นไปเพื่อปกป้องสาธารณรัฐ หากนโปเลียนถูกโค่น กลุ่มคนต่างๆ จะล่มสลายไปกับเขาด้วย จักรพรรดิได้กลายมาเป็นสถาบัน ตอกย้ำความยั่งยืนของความเชื่อในการปกครองระบอบสาธารณรัฐ หากนโปเลียนตาย นั่นคือการสูญเสียผู้สืบทอดตำแหน่งที่มีหน้าที่ปกป้องประเทศจากความโกลาหล และนั่นหมายถึงความสูญเสียของสิ่งที่ได้มาจากการปฏิวัติฝรั่งเศส (ความเสมอภาค อิสรภาพ และ ความยุติธรรม) การที่เงินเหรียญของทางการฝรั่งเศสจารึกคำว่า จักรพรรดินโปเลียน - สาธารณรัฐฝรั่งเศส นั้น มิใช่คำพูดเสียดสีแต่อย่างใด

การปกครองของสาธารณรัฐฝรั่งเศส ได้กลายมาเป็นระบอบจักรวรรดินิยม ในภายหลังเท่านั้น เพื่อปกป้องสิ่งที่ได้มาจากการปฏิวัติฝรั่งเศส

ราชาภิเษก

พิธีขึ้นครองราชย์ของนโปเลียนมีขึ้น ภายใต้พระเนตรของสมเด็จพระสันตะปาปา ที่ไม่ได้รับเกียรติให้สวมมงกุฎให้นโปเลียน แต่ถูกลดบทบาทให้แค่มาร่วมอำนวยพรแก่จักรพรรดิฝรั่งเศสเท่านั้น แต่ก็นับเป็นโอกาสดีในการกระชับความสัมพันธ์ระหว่างฝรั่งเศสกับวาติกัน การลงนามของกงสุลเอกในปี ค.ศ. 1801 นั้น มีเนื้อหายอมรับว่าคริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิก เป็นศาสนาของชาวฝรั่งเศสส่วนใหญ่ แต่ไม่ใช่ศาสนาประจำชาติ นับแต่นั้นเป็นต้นมา นักบวชจะต้องอยู่ในความควบคุมของรัฐ ในการฟื้นฟูนิกายโรมันคาทอลิก ทำให้เกิดความกังขาว่า เป็นไปได้หรือที่จะเกิดการฟื้นฟูนิกายโรมันคาทอลิก ภายในระยะเวลาไม่ถึงสิบปีหลังจากที่หลวงยึดทรัพย์สินของโบสถ์ นโปเลียนสงวนท่าทีต่อหน้าสมเด็จพระสันตะปาปา เขาออกไปต้อนรับพระสันตะปาปาที่ป่าฟงแตนโบล โดยขี่ม้าไปและสวมชุดล่าสัตว์ ทำให้ฉากการพบปะดังกล่าวมีลักษณะเหมือนการพบกันโดยบังเอิญ และเช่นเดียวกัน ในปี ค.ศ. 1804 จักรพรรดิมิได้เป็นผู้เดินทางไปประกอบพิธีขึ้นครองราชย์ที่กรุงโรมตามที่จักรพรรดิเยอรมันเคยกระทำ แต่เป็นพระสันตะปาปาที่ถูกเชิญมายังกรุงปารีสราวกับว่าเป็นนักบวชที่เดินทางมาแสวงบุญ

เราจะเห็นได้ว่า การที่นโปเลียนเข้าหาศาสนจักรนั้น เป็นไปเพื่อผลประโยชน์เฉพาะอย่าง (สร้างสัมพันธ์ระหว่างคาทอลิกกับฝรั่งเศส และทำให้จักรพรรดิมีฐานะเทียบเท่ากับกษัตริย์อย่างถูกต้อง) และเมื่อพระสันตะปาปามีท่าทีกระด้างกระเดื่องต่อคำสั่งของนโปเลียน เขาก็ไม่รอช้าที่จะขังพระสันตะปาปาไว้ในพระราชวังฟงแตนโบล