เพื่อเป็นรางวัล ที่สามารถการนำกองพลปืนใหญ่ปราบกบฏฝ่ายฝักใฝ่กษัตริย์ได้ นโปเลียนได้รับการแต่งตั้ง ให้ดำรงตำแหน่งแม่ทัพแห่งกองกำลังอิตาลี เพื่อยึดอิตาลีกลับคืนมาจากจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ (ออสเตรีย-เยอรมัน) กองกำลังของเขาขาดแคลน ทั้งยุทโธปกรณ์และเสบียงคลัง ซึ่งแม้เขาจะอดมื้อกินมื้อ และแต่งตัวซอมซ่อ แต่ก็ได้ฝึกฝนนายทหารในบังคับบัญชาด้วยความขะมักเขม้น และสามารถนำทัพเข้าปะทะกับกองกำลังของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ที่มีจำนวนมากกว่า และมียุทโธปกรณ์พร้อมกว่าได้ ในการรบหลายต่อหลายครั้ง ในสมรภูมิที่เมือง มองเตอโนต โลดี หรือ อาร์โกล มีนโปเลียนเป็นผู้นำทัพด้วยตนเอง การรบท่ามกลางห่ากระสุนทำให้ มุยร็อง เพื่อนและผู้ช่วยของเขาเสียชีวิต นโปเลียนเป็นนายทหารฝีมือฉกาจ ผู้ซึ่ง อยู่ทุกหนทุกแห่งและมองเห็นทุกอย่าง ว่องไวดุจสายฟ้าแลบและโจมตีดุจสายฟ้าฟาด เขาเป็นที่เคารพนับถือของผู้ใต้บังคับบัญชา ด้วยความสามารถในการบัญชาการ ความกล้าหาญและความเลือดเย็น ในบรรดานายทหารหลายนายที่แวดล้อมเขา นโปเลียนได้มองเห็นความสามารถของนายทหารนิรนามคนหนึ่ง ชื่อลาน

ตลอดการสู้รบในช่วงเวลานั้น ภาพวาดกองบัญชาการของนโปเลียนในสมัยนั้น ได้แสดงให้เห็นว่า นโปเลียนได้ใช้ระบบสื่อสารทางไกล ระบบแรกของโลกที่เรียกว่าโทรเลขที่คิดค้นโดยโกลด ชาปป์ (เช่นเดียวกับกองบัญชาการรบอื่น ๆ ในสมัยนั้น) นโปเลียนได้ทำให้จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งบัญชาการโดยอาร์ชดยุกคาร์ล ดยุกแห่งเทเชิน จำเป็นต้องลงนามในสนธิสัญญาที่เสียเปรียบ ที่มีชื่อว่าสนธิสัญญากัมโป-ฟอร์มิโอ ว่าด้วยเรื่องการให้ฝรั่งเศสเข้าครองเบลเยียม และยืดพรมแดนไปติดแม่น้ำไรน์ ส่วนจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ได้ถือครองแคว้นเวเนโต

เหตุการณ์ที่ราชอาณาจักรอิตาลีนี้เอง ที่ทำให้นโปเลียนได้ตระหนักถึงพลังอำนาจของตน รวมทั้งสถานการณ์ที่เขาเป็นต่อ เขาเป็นจ้าวแห่งสนามรบเช่นเดียวกับในทุก ๆ ที่ นครมิลานเกิดสภาพคล้าย ๆ กับพระราชวังเล็ก ๆ รายล้อมนายพลนโปเลียน ถึงแม้ว่าเขาจะเป็นผู้กุมชะตาชีวิตของบรรดาเศรษฐีชาวอิตาลีเอาไว้ และได้เปรียบคู่ต่อสู้อยู่มาก แต่เขาก็ยังห่างไกล กับคณะกรรมาธิการรัฐ ที่มีอำนาจบริหารจัดการประเทศ ในปี ค.ศ. 1797 ด้วยแผนการของนายพลโอเฌอโร นโปเลียนได้จัดการทางการเมืองบางอย่างที่ทำให้เหล่าเชื้อพระวงศ์ที่ยังคงมีอำนาจในกรุงปารีสแตกฉานซ่านเซ็น และสามารถรักษาสาธารณรัฐของพวกฌากอแบ็งเอาไว้ได้