เมื่อนายพลนโปเลียนเดินทางกลับมาถึงกรุงปารีส เขาได้เข้าพบปะสนทนากับชาร์ล มอริส เดอ ตาแลร็อง-เปรีกอร์ รัฐมนตรีการต่างประเทศ นักการเมืองผู้มีประสบการณ์ และผู้รู้เกมการเมืองเป็นอย่างดี เขาได้ช่วยเตรียมการก่อรัฐประหาร โค่นล้มคณะดีแร็กตัวร์ ซึ่งเป็นฝ่ายบริหารที่กำลังอ่อนแอและประชาชนเกลียดชัง โดยการโน้มน้าวผู้แทนราษฎรเลือกรัฐบาลใหม่ บีบให้หัวหน้าคณะรัฐบาลเดิมลาออก แล้วเลือกหัวหน้ารัฐบาลใหม่เข้ามาแทน ประกอบด้วยบุคคลสามคนที่ปราศจากมลทิน อันได้แก่ แอมานุแอล โฌแซ็ฟ ซีเยแย็ส, รอเฌ ดูว์โก (สมาชิกคณะดีแร็กตัวร์สองในจำนวนทั้งหมดห้าคน) และนโปเลียน ผู้ซึ่งได้รับความไว้วางใจ ให้มาเป็นส่วนหนึ่งของแผนการ นับตั้งแต่เขายอมไปออกรบที่อียิปต์ และกลับมาในฐานะวีรบุรุษ วัตถุประสงค์ของการก่อรัฐประหารครั้งนี้ก็เพื่อสร้างความมั่นใจให้ฝ่ายปฏิรูปหัวก้าวหน้า (ที่ต้องการรัฐบาลที่มาจากการเลือกตั้ง ซึ่งตรงข้ามกับพวกจาโคบังที่ยึดติดกับระบอบกษัตริย์) ว่าจะยังรักษาความมั่งคั่งไว้ได้ต่อไป และนโปเลียนที่เชื่อในระบอบสาธารณรัฐยอมก็เสี่ยงกับแผนการดังกล่าว เพราะมีกระแสจะนำพระเจ้าหลุยส์ที่ 18 มาขึ้นครองราชย์และฟื้นฟูระบอบกษัตริย์ ซึ่งหมายความว่าการปฏิวัติฝรั่งเศสที่ผ่านมานั้นไร้ผล

หลังจากที่ฝ่ายปฏิรูปหัวก้าวหน้าสามารถโน้มน้าวให้สภาสูงเห็นชอบกับการล้มล้างคณะดีแร็กตัวร์ได้แล้ว แผนการของการก่อรัฐประหารเมื่อวันที่ 18 เดือนบรูว์แมร์ ค.ศ. 1799 (ตามระบบปฏิทินของสาธารณรัฐฝรั่งเศส) ประกอบด้วยขั้นตอนดังต่อไปนี้ นโปเลียนจะดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการทหารสูงสุด เพื่อรักษาความสงบในกรุงปารีสและในรัฐสภา จากนั้นจึงจัดการโยกย้ายที่ทำการรัฐสภาไปยังพระราชวังแซ็ง-กลู บริเวณชานเมืองปารีส เพื่อไม่ให้เกิดการจลาจลในกรุงปารีสขณะก่อรัฐประหาร และสามารถควบคุมสถานการณ์ได้ โดยอ้างเหตุผลว่าลัทธิฌากอแบ็งกำลังเสี่ยงต่อภัยคุกคามถึงขั้นถูกล้มล้างได้ ซึ่งในความเป็นจริงก็เป็นเช่นนั้น นับตั้งแต่ค.ศ. 1789 เป็นต้นมา รัฐสภาก็ถูกประชาชนชาวปารีสคุกคามมาโดยตลอด

เหตุการณ์สำคัญเกิดขึ้นในวันที่ 19 เดือนบรูว์แมร์ ที่พระราชวังแซ็ง-กลู ฝ่ายปฏิรูปหัวก้าวหน้าได้เตรียมการเกลี้ยกล่อมให้คณะดีแร็กตัวร์ห้าคน ยกขบวนลาออกจากรัฐสภาแห่งชาติ รวมทั้งให้สภาห้าร้อยเลือกรัฐบาลใหม่ แต่แผนการดำเนินไปอย่างล่าช้าเนื่องจากแนวคิดนี้ไม่ได้รับฉันทามติจากทุกฝ่าย โดยเฉพาะพวกฌากอแบ็งสองคนไม่ยอมลาออก นโปเลียนเฝ้ารอและตัดสินใจเข้าแทรกแซงในที่สุด

เขาได้นำกำลังทหารกลุ่มเล็กๆเข้าไปในห้องประชุมสภาห้าร้อยที่กำลังถกเถียงกันอย่างเผ็ดร้อน และได้พยายามพูดโน้มน้าวให้สภาดังกล่าวยอมรับการโค่นล้มคณะดีแร็กตัวร์แต่ไม่มีผู้แทนคนใดยอมรับฟัง จากการกระทำอุกอาจของนโปเลียนดังกล่าวทำให้มีผู้เสนอญัตติให้ประกาศนโปเลียนเป็นบุคคลนอกกฎหมาย ซึ่งจะทำให้นโปเลียนหลุดจากตำแหน่งทั้งหมด แต่สถานการณ์กลับตาลปัตรเมื่อมีผู้พยายามลอบแทงนโปเลียนในห้องประชุมสภา ฝ่ายได้เปรียบกลายเป็นฝ่ายนโปเลียนและลูว์เซียง โบนาปาร์ต น้องชายของนโปเลียนผู้ซึ่งเป็นผู้กุมบังเหียนของสภาห้าร้อยเอาไว้ ลูว์เซียงต้องการช่วยนโปเลียนจากสถานการณ์คับขัน จึงจัดการให้มีผู้ลอบแทงนโปเลียนเพื่อหาความชอบธรรมให้กองทัพเข้าแทรกแซง ภาพของผู้แทนที่โผล่มาจากทางหน้าต่างเพื่อลอบแทงนโปเลียนแพร่กระจายไปทั่ว นโปเลียนเป็นผู้ได้เปรียบในสถานการณ์นี้อย่างมาก เขาอ้างว่าถูกสมาชิกรัฐสภาใส่ร้ายว่าจะก่อรัฐประหารและเกือบจะถูกลอบสังหาร ทำให้นายพลฌออากีม มูว์รามีข้ออ้างนำกองทัพเข้าล้อมรัฐสภาที่พระราชวังแซ็ง-กลู และก่อรัฐประหารได้สำเร็จในที่สุด

แม้จะก่อรัฐประหารสำเร็จ แต่นโปเลียนก็ยังยึดติดกับรูปแบบการปกครองโดยกระบวนการทางกฎหมายอยู่ ในคืนวันที่ 19 เดือนบรูว์แมร์ หลังก่อรัฐประหารสำเร็จ คณะผู้แทนยังคงอยู่ที่พระราชวังแซ็ง-กลู เพื่อลงมติเสนอรายชื่อคณะกรรมาธิการสองชุดในการเตรียมร่างรัฐธรรมนูญใหม่ แสดงให้เห็นได้ว่า นโปเลียนต้องการผลักดันให้มีระบอบการปกครอง ที่กิจการต่าง ๆ ของรัฐผ่านการลงมติจากคณะผู้แทนราษฎร

วันที่ 20 เดือนบรูว์แมร์ |กงสุลสามคนได้รับการแต่งตั้งให้บริหารประเทศ ได้แก่ นโปเลียน, แอมานุแอล โฌแซ็ฟ ซีเยแย็ส และรอเฌ ดูว์โก นับเป็นจุดเริ่มต้นระบบการปกครองโดยคณะกงสุล นโปเลียนได้ประกาศว่า "สาธารณชนเอ๋ย...การปฏิวัติตามวิถีหลักการที่ได้เริ่มขึ้นมานั้น ได้สิ้นสุดลงแล้ว!"' [9] ระบอบกงสุลได้ถูกจัดตั้งขึ้น เป็นระบอบการปกครองที่อำนาจเบ็ดเสร็จอยู่ในมือกงสุลสามคน ซึ่งอันที่จริงแล้ว มีเพียงกงสุลเอกเท่านั้นที่กุมอำนาจไว้อย่างแท้จริง ฝรั่งเศสเตรียมเข้าสู่ยุคใหม่ที่ประชาชนในชาติจะต้องฝากชะตาไว้ในมือของจักรพรรดิ