ช่วงเหตุการณ์ ร.ศ. 112 เมื่อคราที่ฝรั่งเศสส่งเรือรบสองลำฝ่าการป้องกันของป้อมพระจุลจอมเกล้าเข้ามาเมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2436 รถไฟขบวนสุดท้ายในคืนนั้นถูกลูกหลงจากการโจมตีไม่ทราบฝ่ายเป็นเหตุให้มีผู้โดยสารเสียชีวิตหนึ่งราย บาดเจ็บหนึ่งราย และมีหญิงชราหัวใจวายตายไปอีกหนึ่งคน[4] พระยาชลยุทธโยธินทร์ (อองเดร ดู เปลซี เดอ ริเชอลิเออ) ซึ่งเป็นผู้อำนวยการป้องกันปากแม่น้ำจึงขึ้นรถไฟสายนี้ตามเรือรบฝรั่งเศสเข้ามา หวังจะเอาเรือพระที่นั่งมหาจักรีพุ่งชน แต่ทางการไทยเกรงว่าจะเกิดปัญหากับฝรั่งเศสอีกจึงใช้วิธีเจรจาแทน[4]