นินจากับซามูไรนั้นก็คือทหารของโชกุนเฉกเช่นเดียวกัน แต่จะแตกต่างกันอย่างชัดเจนตรงที่ซามูไรนั้นเปรียบเสมือนทัพหน้าที่คอยออกสู้รบปรบมือกับฝ่ายตรงข้ามอย่างโจ่งแจ้ง แต่กับนินจาแล้ว พวกเขาคือหน่วยที่มีหน้าที่เสาะหาข้อมูลลับของฝ่ายตรงข้ามโดยตรง พวกเขาจะทำงานกันอย่างลับ ๆ ไม่เปิดเผย ชอบทำงานกับความมืดเป็นอย่างยิ่ง และแยกส่วนออกจากซามูไรอย่างชัดเจน