คำว่านินจาเชื่อว่ามีการใช้มาประมาณ 800 ปีก่อน ซึ่งหมายถึงบุคคลที่อยู่ในภูเขาและฝึกฝนนินจุตสุ (วิชาต่อสู้เกี่ยวกับการขโมยและการล่องหน) ซึ่งมาจากประโยคที่ว่า ชิโนบิโนะโมโนะ โดยเขียนในคันจิว่า 忍者 โดยตัวอักษรแรก 忍 (นิน) หมายถึง "คงทน" โดยในภายหลังคำนี้ได้มีความหมายเพิ่มเติมหมายถึง "การซ่อนตัว" และ "การขโมย" โดยตัวอักษรที่สอง 者 (จา) หมายถึง "บุคคล" นอกจากนี้ได้มีภาษาจีนได้กล่าวถึงนินจาว่า 林鬼 (หลินกุ่ย) ซึ่งหมายถึง ปีศาจในป่า