นินจามีอาวุธที่พวกเขาพกติดตัวไว้ใช้ในยามจำเป็นและอาวุธแต่ละอย่างของนินจานั้นค่อนข้างมีขนาดที่พกพาสะดวกและง่ายต่อการใช้
[1]

ดาบ

ดาบเปรียบเสมือนมือขวาของนินจา สั้น เล็ก เรียว บาง แต่คม ซึ่งจะเน้นการใช้แทงในระยะประชิด (ดาบนินจาซึ่งเล็กกว่าคะตะนะของซะมุไร แต่ใหญ่กว่าวะกิซะชิ)

ดาวกระจาย

ดาวกระจาย (ญี่ปุ่น: 手裏剣 โรมาจิ: shuriken, ชุริเก็ง) ซึ่งนินจาส่วนใหญ่พกมา ซึ่งจุดประสงค์หลักจริง ๆ ไม่ได้อยู่ที่การฆ่า แต่กลับเป็นการสกัดการเคลื่อนไหวของฝ่ายตรงข้ามมากกว่า บางทีก็อาจมีการเคลือบยาพิษอีกด้วย

คุนะอิ

คุนะอิมีไว้ขุดหลุมหรือขว้างใส่ศัตรูเหมือนดาวกระจาย

สนับมือ

สนับมือ เป็นอาวุธที่ต้องสวมเข้าที่มือ เพื่อปัดดาบของศัตรูหรือชกศัตรู

กับดักโลหะ

กับดักโลหะเป็นอาวุธที่ต้องโยนลงพื้นเวลาหนีศัตรู กับดักนี้จะปักติดกับเท้าของศัตรู

ตะขอยืดหยุ่น

ตะขอยืดหยุ่นสามารถพับเก็บได้ ใช้เป็นเครื่องมือเมื่อปีนกำแพง